结论：租机时约定“9999还12998”是否合法，需结合具体合同条款、租赁物性质及双方约定综合判断，若该费用构成变相高利贷或违反法律强制性规定，则可能不合法。以下从不同角度详细分析：
一、合同条款的合法性分析
利息与费用约定：
- 若“9999还12998”中的差额部分被明确为利息或服务费，且该利率或费用标准未超过法律规定的上限（如民间借贷利率不得超过一年期贷款市场报价利率的四倍），则该约定在法律上是有效的。
- 法律依据：根据《民法典》及相关司法解释，民事主体之间的借贷关系，利率不得违反国家有关规定。若超过法定上限，超出部分的利息约定无效，借款人有权请求出借人返还已支付的超过部分的利息。
合同内容明确性：
- 合同应明确约定租赁期限、租金支付方式、租赁物状况、违约责任等关键条款。若“9999还12998”的约定模糊不清，或未明确说明费用性质，可能引发争议。
- 建议：在签订合同时，双方应明确约定各项费用，包括租金、利息、服务费等，并确保合同内容清晰、无歧义。
二、租赁物性质与费用合理性
租赁物价值：
- 若租赁物价值远低于9999元，而约定还款金额高达12998元，可能涉嫌变相高利贷或欺诈。
- 分析：在此情况下，租赁物的实际价值与约定还款金额严重不符，可能违反公平原则和诚实信用原则。
费用合理性：
- 除租金外，若合同中还约定了其他费用（如服务费、管理费等），应确保这些费用合理且符合行业惯例。
- 建议：在签订合同时，双方应就各项费用进行充分协商，并确保费用标准合理、透明。
三、法律后果与风险提示
合同无效情形：
- 若合同中的费用约定违反法律强制性规定（如超过法定利率上限），则该部分约定无效，但不影响合同其他部分的效力。
- 法律依据：根据《民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违约责任：
- 若一方违反合同约定，应承担相应的违约责任。但违约责任应以合同约定为限，且不得违反法律强制性规定。
- 建议：在签订合同时，双方应明确约定违约责任，并确保违约责任条款合法、合理。
四、实际操作建议
审查合同条款：
- 在签订租机合同前，务必仔细审查合同条款，确保各项费用约定明确、合法。
咨询专业人士：
- 若对合同条款或费用约定存在疑问，可咨询专业律师或相关机构，以获取专业意见。
保留证据：
- 在合同履行过程中，应妥善保留相关证据（如合同文本、支付凭证等），以备不时之需。
总结：租机时约定“9999还12998”是否合法，需结合具体合同条款、租赁物性质及双方约定综合判断。若该费用构成变相高利贷或违反法律强制性规定，则可能不合法。在签订合同时，双方应确保合同内容明确、合法，并妥善保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步法律帮助，请直接向我咨询。