结论：租9000的手机最终要还13000是否合法，这主要取决于租赁合同中的具体条款以及是否存在其他法定或约定的情形。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的合法性：

   • 如果租赁合同中明确约定了租金总额为9000元，但同时约定了额外的费用（如服务费、管理费、利息等）共计4000元，且这些额外费用在合同中有明确的说明和合理的计算依据，那么最终需要支付13000元可能是合法的。但前提是这些额外费用不得违反法律法规的强制性规定，如不得超过法定利率上限等。
   • 如果合同中没有明确约定额外费用，或者额外费用的约定存在模糊、不合理之处，那么要求支付13000元可能缺乏合法依据。

2. 法定利率的限制：

   • 如果租赁合同中涉及融资租赁或分期付款等情形，且存在利息或类似费用的计算，那么需要关注法定利率的限制。根据相关法律法规，民间借贷的利率受到严格限制，超过法定利率上限的部分将不被法律保护。虽然租赁合同与民间借贷合同在性质上有所不同，但在涉及资金成本计算时，仍需遵循公平、合理的原则，并不得违反法律法规的强制性规定。
   • 计算公式与示例：假设法定年利率上限为15.4%（以当前一年期LPR的四倍为例，具体数值可能随时间变化），若租赁期限为一年，则合法利息上限为9000元 * 15.4% = 1386元。若合同中约定的额外费用（视为利息）超过此数额，则超出部分可能不受法律保护。

3. 合同欺诈或显失公平的情形：

   • 如果租赁合同是在一方欺诈、胁迫或乘人之危的情况下订立的，或者合同内容显失公平（如租金远高于市场合理水平），那么受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销合同。在这种情况下，要求支付13000元可能因合同无效或被撤销而失去合法依据。

4. 实际操作建议：

   • 审查合同条款：仔细审查租赁合同中的所有条款，特别是关于租金、费用、利率、违约责任等方面的约定。
   • 咨询专业意见：如果对合同条款或相关法律法规存在疑问，建议咨询专业律师或法律机构，以获取准确的法律意见。
   • 协商与调解：如果认为合同存在不公平或不合理之处，可以尝试与出租方进行协商或寻求第三方调解，以达成更合理的解决方案。

总结与进一步思考：租9000的手机最终要还13000是否合法，取决于合同条款的具体内容、法定利率的限制以及是否存在合同欺诈或显失公平的情形。在签订租赁合同时，务必仔细阅读合同条款，并确保所有约定均符合法律法规的强制性规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。