工资付清后解除劳动关系，法院一般会根据解除的合法性及双方诉求进行相应处理。具体来说，分以下几种情况：

1. 双方协商一致解除劳动关系：

   • 若工资已付清，且双方就解除劳动关系达成一致，法院通常会确认解除的合法性，并支持双方按照协商的内容履行各自义务，如支付经济补偿金（如有约定）等。
   • 在此情况下，法院一般不会过多干预，除非存在欺诈、胁迫等违法情形。

2. 用人单位单方合法解除劳动关系：

   • 若用人单位因员工严重违反规章制度、严重失职等法定情形单方解除劳动关系，且工资已付清，法院会审查解除的合法性。
   • 若解除合法，法院会支持用人单位的决定，并驳回员工要求继续履行合同或支付违法解除赔偿金的诉求。

3. 用人单位单方违法解除劳动关系：

   • 若用人单位无法定理由或未遵循法定程序单方解除劳动关系，即使工资已付清，法院也会认定解除违法。
   • 在此情况下，法院可能会判决用人单位继续履行合同（若员工要求）或支付违法解除赔偿金（通常为经济补偿金的两倍）。

4. 员工单方解除劳动关系：

   • 若员工因用人单位未提供劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等法定情形单方解除劳动关系，且工资已付清（但需注意，若解除时工资尚未付清，员工仍有权以此为由解除并主张经济补偿），法院会审查解除的合法性。
   • 若解除合法，且员工无过错，法院可能会支持员工要求用人单位支付经济补偿金的诉求（若符合法定情形）。但在此问题中，因工资已付清，经济补偿金的支付将取决于其他法定条件是否满足。

额外提醒：

• 无论哪种情况，双方都应保留好相关证据，如工资支付记录、解除劳动关系通知书、协商记录等，以便在法院审理时提供有力支持。
• 若对法院的判决有异议，可在法定期限内提起上诉或申请再审。

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