医院内部对职工迟到早退进行罚款的行为，通常是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与罚款权限
行政处罚法：根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款作为行政处罚的一种，其执行主体必须为具有行政处罚权的行政机关或法律、法规授权的组织。医院科室，作为医疗机构的一个内设部门，并不具备这样的行政处罚主体资格，因此无权对员工进行罚款。
劳动法：依据《中华人民共和国劳动法》，用人单位有义务按时足额支付劳动者的工资，不得克扣或无故拖欠。科室内部的罚款行为，很可能被视为对员工工资的非法克扣，从而违反了劳动法的相关规定。
二、罚款行为的合法性剖析
主体不合法：医院科室并非行政执法机关，也未获得法律授权可以行使罚款权力。科室主任，作为医院内部的管理人员，同样不具备对员工进行罚款的法定资格。
侵犯职工权益：罚款行为直接触及员工的经济利益，可能构成对员工财产的非法侵犯。员工的工资是其辛勤劳动的所得，受法律严格保护，任何未经法定程序扣除工资的行为，均被视为不合法。
缺乏法律依据：在法治社会中，任何处罚行为都必须有明确的法律依据。由于医院科室不具备罚款的权力，其内部实施的罚款行为自然也无法找到法律依据，因此是违法的。
三、合法的员工管理替代方案
尽管医院科室不能直接对员工迟到进行罚款，但仍有多种合法途径可供选择来管理员工：
设立合理的奖惩制度：医院可以制定合法、合规的规章制度，设立全勤奖、绩效奖金等奖励机制，以及相应的惩罚措施（如警告、记过等行政处分）。当员工迟到达到一定程度时，可以依据规章制度相应扣除其全勤奖或绩效奖金，但这种扣除必须基于合法制定的规章制度，并且不能影响员工的基本生活保障。
强化沟通与教育：医院科室主任可以通过与员工进行深入的沟通、教育引导等方式，提升员工的纪律意识和责任感，促使其自觉遵守劳动纪律。
利用法律途径维权：如果员工认为医院科室的罚款行为不合法，可以首先尝试与科室主任或医院相关管理部门进行沟通协商；若协商无果，还可以向劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁等法律途径来维护自身的合法权益。
总结：医院内部对职工迟到早退进行罚款的行为，通常是不合法的。医院和科室应当严格依据相关法律法规和医院规章制度，采取合法、合理的方式来对员工进行管理。