当员工在公司工作六年后被辞退时，其赔偿的具体金额和方式确实会受到辞退原因、公司规章制度以及劳动法律法规的共同影响。以下是对这一问题的详细且深入的解答：
一、辞退原因与对应的赔偿标准
协商解除劳动合同：
- 若公司与员工经过友好协商，一致同意解除劳动合同，那么赔偿的金额和方式可以由双方自行约定。这通常会在协商过程中明确，并可能涵盖经济补偿金、未休年假的工资报酬等。
过失性辞退：
- 如果员工因严重违反公司规章制度、失职或营私舞弊，给公司造成重大损害等原因被辞退，公司一般无需支付赔偿金。但公司必须提供确凿的证据来证明员工的过失行为，以确保辞退的合法性。
无过失性辞退：
- 若员工因不能胜任工作、患病或非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由公司另行安排的工作等原因被辞退，公司应提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付一个月工资后，按照员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿金。对于工作六年的员工，经济补偿金通常为六个月工资。
- 若公司未提前通知而直接辞退，则除了上述经济补偿金外，还需额外支付一个月工资作为代通知金。
经济性裁员：
- 在符合《劳动合同法》第四十一条规定的经济性裁员情形下，公司也应按照无过失性辞退的标准支付经济补偿金。
违法辞退：
- 如果公司没有合法理由就辞退员工，这属于违法解除劳动合同。此时，公司应按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。对于工作六年的员工，赔偿金通常为十二个月工资（即六个月工资的经济补偿金的两倍）。
二、赔偿金的计算基数
- 赔偿金的计算基数通常是员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。如果员工的月工资高于公司所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，那么向其支付经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额来支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
三、其他可能的赔偿或补偿
- 除了上述赔偿金外，员工还可能根据公司的规章制度和实际情况，获得未休年假的工资报酬、加班费等其他补偿。这些补偿的具体金额需要依据公司的相关规定和实际情况进行计算。
综上所述，当员工在公司工作六年后被辞退时，其赔偿的具体金额和方式会受到多种因素的影响。因此，在处理此类问题时，建议员工与公司进行充分沟通，并咨询专业的法律人士或劳动仲裁机构，以确保自己的合法权益得到妥善维护。