土地使用权有争议时的侵权责任认定，主要依据争议双方是否实际享有土地使用权，以及是否存在侵权行为来综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、土地使用权归属明确时的侵权责任认定
若一方拥有合法土地使用权证：
- 侵权责任认定：当一方拥有合法有效的土地使用权证，而另一方未经允许擅自占用、使用或破坏该土地时，即构成侵权。侵权方需承担停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等民事责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。因此，土地使用权证是认定土地使用权归属的重要依据。
若双方均主张拥有土地使用权证：
- 侵权责任认定：这种情况下，需要首先通过行政程序或诉讼程序确认土地使用权的归属。在确认之前，任何一方均不得擅自改变土地现状或进行建设活动。若一方擅自行动，造成另一方损失的，需承担侵权责任。
- 处理建议：建议双方先通过协商、调解或行政裁决等方式解决争议，若无法达成一致，再向法院提起诉讼，请求确认土地使用权归属。
二、土地使用权归属不明确时的侵权责任认定
历史遗留问题或未登记土地：
- 侵权责任认定：对于因历史原因或未进行土地登记而导致的土地使用权归属不明确的情况，需要综合考虑土地来源、使用历史、相邻关系等因素来认定。若一方能够证明其长期、连续、无争议地使用该土地，且未侵犯他人合法权益的，可能被认定为拥有土地使用权。在此情况下，若另一方擅自侵占或破坏，即构成侵权。
- 处理建议：对于此类争议，建议双方先收集相关证据，如土地使用协议、缴费凭证、证人证言等，以证明各自的使用权。然后，通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。
共同使用或共有土地：
- 侵权责任认定：若土地为双方共同使用或共有，则任何一方未经另一方同意，不得擅自改变土地用途或进行建设活动。若一方擅自行动，造成另一方损失的，需承担侵权责任。同时，若因共同使用或共有土地而产生的纠纷，如收益分配、维护费用等，也需根据双方约定或法律规定进行分担。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于共有物的管理、使用、收益和处分等规定，共有人对共有物享有共同的权利和承担共同的义务。
三、特殊情况下的侵权责任认定
政府征收或征用土地：
- 侵权责任认定：在政府依法征收或征用土地的情况下，若政府已按照法定程序和标准给予补偿，且土地使用权已依法转移至政府或指定单位名下，则原土地使用权人不得再主张权利。若原土地使用权人仍擅自占用或使用该土地，即构成对政府或指定单位的侵权。
- 处理建议：对于此类情况，建议原土地使用权人及时与政府或指定单位沟通协商，了解补偿情况和土地使用安排。若对补偿标准或土地使用安排有异议的，可通过行政复议或诉讼等方式维护自身权益。
相邻关系中的土地使用争议：
- 侵权责任认定：在相邻关系中，双方应遵循有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则处理土地使用争议。若一方因使用土地而给另一方造成妨碍或损失的，需承担停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等民事责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
总结与建议：土地使用权有争议时的侵权责任认定是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑多种因素。在处理此类争议时，建议双方先通过协商、调解等方式尝试解决；若无法达成一致，再寻求法律途径解决。同时，也建议您在处理土地使用权争议时，及时咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到有效维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。