当涉及到“超过行政处罚时效”的情况时，我们可以这样进行清晰、详细且有深度的表述：
首先，我们需要明确行政处罚时效的定义：它是指对违法行为人的违反行政管理秩序的行为，自该行为发生之日起，若超过一定期限未被行政机关发现，则行政机关将不再给予行政处罚的法律制度。这一制度的核心目的在于督促行政机关及时行使权力，同时保护当事人的合法权益，确保法律的公正性和权威性不受损害。
接下来，我们探讨如何准确判断行政处罚时效：
时效期限的确定：不同类型的违法行为，其行政处罚时效可能有所不同。通常情况下，若违法行为在二年内未被行政机关发现，则不再给予行政处罚。然而，对于涉及公民生命健康安全、金融安全且具有危害后果的违法行为，这一期限会延长至五年。当然，如果法律另有特别规定，则需遵循那些规定。
“发现”的界定：这里的“发现”并非指行政机关实际查明了全部违法事实，而是指行政机关通过线索、举报等方式知晓了违法行为的存在。时效的起算点通常从违法行为发生之日起计算；若违法行为具有连续或继续状态，则从行为终了之日起计算。
当确认违法行为已经超过行政处罚时效时，行政机关应采取以下处理方式：
核实超时效情况：在立案前的初步调查阶段，行政机关需核实违法行为的发生时间以及行政机关发现该违法行为的时间，以确保确实已经超过了法定的行政处罚时效。
作出不予处罚决定：一旦确认超过时效，行政机关应依法作出不予立案或撤销案件的决定，并不再对该违法行为进行处罚。这是法律对行政机关的明确约束，也是对当事人权益的重要保护。
告知当事人：行政机关应以书面形式明确告知当事人相关情况，包括因超过时效而不再进行处罚的决定，以充分维护当事人的知情权。
存档备查：对于已经超过时效的违法行为，行政机关应将相关材料整理存档，以备日后可能的查询或审计，确保整个处理过程的合法性和规范性。
最后，我们还需要考虑特殊情况：虽然超过行政处罚时效一般不再给予行政处罚，但如果该违法行为同时涉及民事赔偿责任或刑事犯罪，那么当事人仍需依法承担相应的民事责任或刑事责任。例如，某些环境污染违法行为，即便超过行政处罚时效，受害者仍可通过民事诉讼要求违法者承担损害赔偿责任；若该行为构成犯罪，司法机关仍可依法追究其刑事责任。
综上所述，当违法行为超过行政处罚时效时，行政机关应依法不再给予行政处罚，并需履行相应的告知和存档程序。同时，我们也应明确，这并不影响当事人依法承担其他类型的责任。