在行政诉讼中，被告超过举证期限提交的司法机关已掌握的书证，法院一般不予采纳，但存在例外情况。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：超过举证期限提交的证据，法院不予采纳
根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释的规定，被告应当在法定的举证期限内提交证据，以证明其行政行为的合法性。如果被告超过举证期限提交证据，法院通常不会采纳这些证据。这一原则旨在确保诉讼的公平性和效率，防止被告利用举证期限的漏洞进行不正当的诉讼行为。
二、例外情况：司法机关已掌握的书证可能被采纳
尽管存在上述一般原则，但在某些特定情况下，即使被告超过举证期限提交的书证，法院也可能予以采纳。这些情况主要包括：
书证已被司法机关掌握：如果书证的内容已经被司法机关（如公安机关、检察机关等）在之前的调查或侦查过程中掌握，并且这些书证对于证明案件事实具有关键作用，那么法院可能会考虑采纳这些书证。这是因为，在这种情况下，书证的真实性和关联性已经得到了司法机关的确认，且其提交并未对诉讼的公平性和效率造成实质性影响。但需要注意的是，即使书证已被司法机关掌握，被告仍需在合理期限内提交，并说明逾期提交的理由。如果被告无正当理由逾期提交，法院仍可能不予采纳。
涉及国家利益、公共利益或他人合法权益：在极少数情况下，如果书证涉及国家利益、公共利益或他人合法权益，且其提交对于维护这些利益至关重要，那么法院可能会突破举证期限的限制，采纳这些书证。然而，这种情况非常罕见，且需要法院进行严格的审查和判断。
三、法律建议
被告应严格遵守举证期限：为了避免因逾期提交证据而承担不利的法律后果，被告应严格遵守法定的举证期限，及时、全面地提交证据。
逾期提交需说明理由：如果被告确实因特殊原因无法在举证期限内提交证据，应及时向法院说明理由，并申请延期提交。法院将根据具体情况决定是否准许延期。
法院应严格审查逾期提交的证据：对于被告逾期提交的证据，法院应进行严格的审查，判断其真实性、关联性和合法性。只有在确信这些证据对于证明案件事实具有关键作用，且逾期提交并未对诉讼的公平性和效率造成实质性影响的情况下，法院才应考虑采纳这些证据。
如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律意见。