核心结论：以土地使用权出资超出实收资本时，通常可通过调整公司章程、进行资本公积处理或依法办理减资程序等方式解决，具体需根据公司实际情况和法律规定来操作。以下是详细分析：
调整公司章程与出资协议
- 情况说明：当土地使用权出资额超出实收资本时，首先应检查公司章程和出资协议中是否有关于超额出资的特别约定。
- 处理方式：若章程或协议中有明确规定，如允许超额出资部分作为公司资本公积或用于增加公司注册资本，则应按照约定执行。这通常涉及修改公司章程、办理工商变更登记等程序。
资本公积处理
- 法律依据：根据《公司法》及相关会计准则，股东超额出资的部分可以计入公司的资本公积。资本公积是公司由于资本原因而产生的增减变动，不属于实收资本，但可用于转增资本或弥补亏损等。
- 操作步骤：公司应召开股东会或董事会，形成决议将超额出资部分计入资本公积，并相应修改公司章程。随后，需按照会计准则进行账务处理，并可能需向工商行政管理部门报备。
依法办理减资程序（如需）
- 情况说明：若公司不希望将超额出资部分计入资本公积，或出于其他考虑（如避免资本闲置、降低税务负担等），可考虑依法办理减资程序。
- 法律程序：减资需遵循严格的法律程序，包括编制资产负债表及财产清单、通知债权人并公告、召开股东会或董事会形成减资决议、办理工商变更登记等。减资后，公司的注册资本将相应减少，超额出资部分将退还给股东或按约定处理。
税务与合规性考虑
- 税务影响：超额出资的处理可能涉及税务问题，如资本公积转增资本时的个人所得税处理、减资时的企业所得税或个人所得税处理等。公司应咨询专业税务机构，确保税务合规。
- 合规性审查：在处理超额出资问题时，公司应确保所有操作均符合《公司法》、《公司登记管理条例》等相关法律法规的规定，避免因违规操作而引发法律风险。
特别提醒：在处理以土地使用权出资超出实收资本的问题时，公司应综合考虑自身实际情况、股东意愿、税务影响及合规性要求等多方面因素，选择最适合的处理方式。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。