当公司实际收到的投资超出其注册资本时，这是一个涉及公司财务和法律层面的重要问题，需要谨慎处理。以下是一些详细且合规的处理方式，供您参考：

一、计入资本公积

定义与处理： 资本公积是企业收到投资者超出其在企业注册资本（或股本）中所占份额的投资，以及直接计入所有者权益的利得和损失等。当实际出资额超过注册资本金时，超出部分应计入资本公积科目。例如，若公司注册资本为100万元，股东实际出资120万元，则多出的20万元应计入资本公积。

作用与影响： 计入资本公积的部分会增加企业的所有者权益，但不会影响企业的注册资本总额。资本公积作为公司的储备资金，可用于扩大再生产、增加注册资本等，有助于反映公司资本结构的真实情况，增强公司的资本实力。

适用场景： 适用于大多数正常的企业融资和投资情况，尤其是股东为支持企业发展而投入更多资金时。

二、调整股权比例（增资扩股）

适用情况与处理： 如果所有股东都同意按照实际出资额来调整股权比例，那么可以通过修改公司章程并办理工商变更登记来实现。重新计算各股东的持股比例，确保与实际出资额相匹配。例如，若原股权比例为50:50，但实际出资额为60:40，则可调整为新的股权比例。

程序与影响： 增资扩股需要修改公司章程，并在工商局办理变更登记手续，包括股东认缴新增资本的出资等。调整股权比例会改变各股东在公司中的权益分配，因此需要得到所有股东的同意，并按照法定程序进行变更登记。

适用场景： 适用于公司发展前景良好，需要更多资金用于扩大生产经营规模、拓展业务领域，且股东愿意将超出部分作为长期投资时。

三、视为公司向股东借款（债权处理）

情况说明与核算方式： 将超出部分视为股东对公司的债权，形成借贷关系，公司需按照约定向股东偿还这部分款项。这部分资金可通过“其他应付款”科目进行核算。

法律依据与适用场景： 根据《中华人民共和国民法典》中关于借款合同的相关规定，确认这种借贷关系的合法有效。适用于股东暂时资金充裕，希望以借款形式为公司提供资金支持，并保留索偿权的情况。

四、退还多余出资（减资程序）

适用情况与处理： 在某些情况下，股东可能希望将多余的出资退还给个人。这通常需要在法律允许的范围内，并且经过其他股东的一致同意。通过减资程序将多余的出资退还给股东。需要注意的是，减资程序相对复杂，且可能影响公司的偿债能力和信誉度。

影响与注意事项： 退还多余出资会减少企业的实收资本，同时也会影响企业的资金结构和运营计划。因此，在决定退还多余出资前，应充分考虑公司的财务状况和未来发展需求。

五、转做公司留存收益

情况说明与作用： 将超出注册资本的投资款视为公司的留存收益，用于日常运营、扩大生产或投资其他项目。此方式有助于增强公司的资金实力和提升竞争力，灵活运用额外资金促进公司发展。

适用场景： 适用于公司希望将额外资金直接用于业务运营或短期投资项目，以提高资金使用效率时。

六、注意事项

1. 合法合规：处理超出注册资本的投资款时，应确保资金来源和使用均合法合规，避免法律风险和财务纠纷。
2. 公司章程与投资协议：具体处理方式需根据公司章程、投资协议及相关法律法规确定，确保各方权益得到妥善保护。
3. 专业咨询：建议公司在处理此类问题时咨询专业律师或相关机构，以确保操作合法合规并维护公司利益。
4. 税务处理：根据税法规定，股东出资超过注册资本的部分可能在特定情况下产生税务义务。因此，在处理过程中应咨询专业税务顾问的意见，确保税务处理的合规性。

综上所述，公司在面对实际投资多于注册资本的情况时，应根据自身实际情况和需求选择合适的处理方式，并确保整个过程的合法性和规范性。