关于在校实习生在实习单位实习时加班工资的计算问题，这确实是一个涉及多个法律层面的复杂议题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、实习协议与劳动关系认定是基础
实习协议有明确约定：
- 如果实习协议中已经明确规定了加班及加班报酬的相关条款，那么实习生和实习单位都应当按照协议来执行。这是最直接也最明确的依据。
实习协议无明确约定：
- 劳务关系情况：在校实习生通常并不具备劳动者的主体资格，因此与实习单位之间往往构成的是劳务关系。在这种情况下，如果实习协议中没有对加班报酬做出约定，那么实习生要求支付加班工资可能缺乏直接的法律依据。不过，实习单位出于人文关怀或公平原则，可以考虑给予实习生适当的补贴或补偿。
- 劳动关系情况：如果实习生符合特定条件，比如已经毕业但尚未就业、以就业为目的进行实习等，那么有可能被认定为与实习单位建立了劳动关系。在这种情况下，实习生的加班就应当适用劳动法律法规的相关规定。
二、加班时间认定与加班费计算（在劳动关系下）
如果实习生被认定为与实习单位建立了劳动关系，那么加班费的计算就需要严格按照《劳动法》和《劳动合同法》的规定来执行：
工作日加班费：
- 加班时间超出每日8小时或每周44小时的部分，被视为加班。
- 加班费的计算方式为：月工资÷21.75÷8×加班小时数×150%。
休息日加班费：
- 如果实习单位在休息日安排实习生工作，并且不能安排补休的，那么应当支付加班费。
- 加班费的计算方式为：月工资÷21.75÷8×加班小时数×200%。如果后续安排了补休，那么就可以不支付加班费。
法定节假日加班费：
- 在法定节假日安排实习生工作的，实习单位应当支付加班费。
- 加班费的计算方式为：月工资÷21.75÷8×加班小时数×300%。
三、其他关键注意事项
工资基数：
- 加班工资的基数应当以劳动合同或集体合同中约定的工资标准为准。如果合同中没有约定，那么就按照实习生正常劳动应得的工资来确定。
最低工资标准：
- 实习生的工资不得低于当地规定的最低工资标准，这是法律的强制性要求。
加班限制：
- 实习生每日的加班时间不得超过1小时，在特殊情况下也不得超过3小时，每月累计的加班时间不得超过36小时。超出这个限制就是违法的。
协商与约定：
- 虽然法律有明确的规定，但具体的支付情况还是可能受到实习生与实习单位之间协商和约定的影响。因此，建议双方在签订实习协议时，就明确加班工资的相关事宜。
四、维权途径
如果实习生认为自己的加班工资没有得到合理的支付，那么可以先尝试与实习单位进行协商。如果协商不成，那么可以向当地的劳动监察部门进行投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，实习生的加班工资问题确实涉及多个法律知识点和实际操作细节。希望以上解答能够帮助您更清晰地理解这个问题，并在实际操作中确保自己的合法权益得到充分保障。