针对您提出的“工厂搬迁故意留两条产线怎么处理”的问题，这确实是一个涉及企业运营、环保法规以及安全生产管理等多方面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，工厂搬迁时故意留下部分产线，可能出于多种原因，如成本考虑、生产需求调整、或是为了应对特定市场情况等。然而，这种行为若处理不当，很可能引发一系列问题，包括但不限于环保违规、安全生产隐患以及法律纠纷等。
一、环保法规方面
污染防治设施的运行：根据《排污许可管理条例》和《中华人民共和国环境保护法》的相关规定，企业必须确保污染防治设施的正常运行，以有效控制污染物排放。若工厂搬迁后留下的产线未配套相应的污染防治设施，或设施未正常运行，将构成违法行为，可能面临罚款、查封、行政拘留等严厉处罚。
合规性检查：环保部门会定期对企业的污染防治设施进行检查，确保其符合环保要求。若企业故意留下产线而未采取相应环保措施，将很难通过这些检查，进而可能面临更严重的法律后果。
二、安全生产管理方面
安全生产职责：根据《江苏省安全生产条例》等相关法规，企业（包括出租方和承租方）在生产经营活动中必须履行安全生产管理职责，如签订安全生产管理协议、定期进行安全检查等。若工厂搬迁后留下的产线存在安全隐患，且未得到及时整改，将构成重大事故隐患，可能引发安全事故。
风险防控：企业应建立完善的风险防控机制，对可能存在的安全风险进行识别、评估和控制。若故意留下产线而未进行充分的风险评估和控制，将增加事故发生的可能性，对企业和员工的安全构成威胁。
三、处理建议
全面评估：在决定留下部分产线之前，企业应进行全面的评估，包括环保合规性、安全生产风险、经济效益等方面。确保留下的产线符合相关法规要求，且不会对企业造成重大风险。
完善设施：若决定留下产线，企业应确保配套的污染防治设施和安全生产设施完善且正常运行。这包括定期检查、维护和更新设施，确保其符合最新的环保和安全生产标准。
加强管理：企业应加强对留下产线的日常管理，包括建立完善的管理制度、加强员工培训、定期进行安全检查和隐患排查等。确保产线的运营符合相关法规要求，且不会对企业造成负面影响。
合规运营：企业应始终保持合规运营的态度，积极配合政府部门的监管和检查。若遇到问题或困难，应及时与政府部门沟通并寻求解决方案，避免问题升级和扩大化。
综上所述，工厂搬迁时故意留下部分产线需要谨慎处理。企业应全面评估相关风险，完善配套设施，加强日常管理，并始终保持合规运营的态度。只有这样，才能确保企业的长期稳定发展并避免不必要的法律纠纷和损失。