在被第三方担保公司起诉后，您确实不能直接与法院协商还款的具体金额或方式，但您完全可以通过一系列合法且有效的途径来与债权人协商并解决债务问题。以下是一些详细的建议：

首先，与债权人直接协商是解决问题的第一步。您可以尝试与担保公司（即债权人）进行直接沟通，探讨延期还款、分期还款或者减免部分债务的可能性。如果双方能够达成一致，一定要签订新的还款协议，并明确还款金额、期限及方式，以确保这份协议具有法律效力。

其次，参与法庭调解也是一个很好的选择。在诉讼过程中，法院可能会组织双方进行正式的调解程序。您应该积极参与调解，提出合理的还款方案，并与债权人进行协商。如果双方能够达成协议，法院会制作具有法律效力的调解书，这份调解书将作为双方履行义务的依据。

另外，在执行阶段前进行沟通也很重要。在诉讼尚未进入执行阶段前，您可以通过法院与债权人进行沟通，尝试达成和解。您可以提出具体的还款计划和方案，比如分期还款等，以减轻一次性还款的压力。如果双方达成一致，法院同样可以制作调解书，这份调解书与判决书具有同等法律效力。

即使进入执行程序后，您仍然有机会与债权人协商。您可以向法院执行法官说明自身的还款意愿及实际经济状况，执行法官可能会协助您与债权人协商具体的还款安排，比如按一定比例逐月还款等。但请注意，这一阶段的协商仍然需要基于法律框架和程序进行，不能违反相关法律法规。

此外，寻求法律援助与咨询专业律师也是明智之举。在处理债务问题时，咨询专业律师的意见可以帮助您更好地分析案情，提供法律建议，并代表您与债权人或法院进行沟通。

最后，履行法院判决是您的法定义务。如果未能与债权人达成协议，且法院已经作出判决，那么您必须按照判决来履行还款义务。拒绝执行将导致法院采取一系列强制措施，如冻结银行账户、查封财产等，这将对您的信用和生活造成严重影响。

综上所述，虽然您不能直接与法院协商还款的具体金额或方式，但通过与债权人协商、参与法庭调解、执行阶段前后的沟通、寻求法律援助以及履行法院判决等途径，您仍然可以有效地解决债务问题，并维护自身的合法权益。