车辆作为证据被公安机关扣留，当事人可按以下步骤处理：

1. 确认扣留合法性
   公安机关扣留车辆需基于法定事由（如交通事故调查、刑事案件侦查等），并出具《扣押决定书》或《扣留清单》，明确扣留原因、期限及法律依据。若未出具书面凭证，当事人有权要求公安机关补办或提出异议。

2. 配合调查并保留证据

   • 配合公安机关完成调查程序（如提供车辆相关证件、行车记录等），避免因阻碍执法被追究责任。
     
   • 自行留存车辆扣留前的照片、视频及车辆状况记录，防止后续因车辆损坏或物品丢失产生纠纷。

3. 关注扣留期限与处理结果

   • 根据《公安机关办理行政案件程序规定》，扣留期限一般不超过30日（特殊情况可延长至60日）。若超期未处理，当事人可向公安机关书面申请解除扣留。
     
   • 若车辆与案件无关，公安机关应在3日内退还；若需作为证据使用，案件终结后应及时返还。

4. 申请返还或提出异议

   • 返还申请：案件终结后，凭《扣留清单》及身份证明向公安机关申请返还车辆。
     
   • 行政复议/诉讼：若公安机关无正当理由扣留或超期不还，当事人可向其上级机关申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼，要求撤销扣留决定并赔偿损失。

5. 特殊情形处理

   • 刑事案件扣留：若车辆涉及刑事犯罪（如作案工具），需待法院判决后处理。若被认定为赃物，可能被依法没收；若与案件无关，应返还当事人。
     
   • 民事纠纷中的保全：若车辆因民事纠纷被法院保全扣留，当事人需通过诉讼解决纠纷，或提供担保申请解除保全。

温馨提示：处理过程中保持冷静，避免与执法人员冲突。如有疑问或需进一步协助，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供专业建议。