若法人不认罪，司法机关仍会依据证据和法律规定进行定罪量刑，不认罪并不影响案件的实体处理，但法人可通过积极配合调查、提出合理辩解等方式争取从宽处理。具体分析如下：

1. 司法机关的定罪原则
   根据我国《刑事诉讼法》第五十五条，定罪需达到“证据确实、充分”的标准，即综合全案证据排除合理怀疑。即使法人不认罪，若司法机关掌握的证据（如发票流、资金流、货物流“三流一致”的客观证据、同案犯供述、证人证言等）形成完整证据链，仍可依法定罪。例如，若法人实际控制公司虚开发票，即使其否认主观故意，但通过其签署的合同、审批的财务流程等证据，可推定其明知或应知虚开行为。

2. 法人不认罪的应对策略

   • 提出合理辩解：法人可围绕“主观无故意”进行辩护，例如提供证据证明其对虚开行为不知情（如被财务人员蒙骗、未参与实际经营等），或主张存在真实交易但发票开具不规范（如部分业务未实际发生但已开具发票）。
     
   • 配合调查与认罪认罚：若法人最终认可部分事实，可主动配合调查、退缴违法所得、缴纳罚款，并签署《认罪认罚具结书》。根据《刑事诉讼法》第十五条，认罪认罚可从宽处理，可能减轻刑罚或适用缓刑。
     
   • 申请排除非法证据：若法人认为证据收集程序违法（如刑讯逼供、威胁引诱等），可申请排除非法证据，削弱控方证据链。

3. 量刑情节的考量

   • 从重情节：若法人作为直接负责的主管人员，虚开税款数额巨大（如虚开税款100万元以上），可能面临十年以上有期徒刑或无期徒刑；若存在多次虚开、造成国家税款重大损失等情节，量刑会更重。
     
   • 从轻情节：若法人具有自首、立功、退赃退赔、初犯等情节，或虚开税款数额较小（如虚开税款5万元以下），可能适用缓刑或免予刑事处罚。例如，某案例中法人虽不认罪，但主动补缴税款并配合调查，最终被判处缓刑。

4. 程序性权利保障
   法人作为犯罪嫌疑人，享有辩护权、申请回避权、申请取保候审权等。若法人被羁押，可委托律师申请变更强制措施；若对一审判决不服，可在10日内上诉，启动二审程序。

建议：若法人涉及虚开增值税发票案，应尽快委托专业律师介入，分析证据链、制定辩护策略，并积极与司法机关沟通，争取最有利结果。如有进一步疑问，可直接向我咨询。