关于质保金保函的存档问题，这主要涉及到建设工程质量保证金的管理流程。根据《建设工程质量保证金管理办法》及相关实践，以下是对该问题的详细解答：

首先，我们需要明确质保金保函的性质和作用。质保金保函是承包人以银行保函的形式替代预留的工程质量保证金，用以保证在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修。这种保函的金额通常不得高于工程价款结算总额的3%。

接下来，关于质保金保函的存档，关键在于理解其受益人和管理方。在大多数情况下，质保金保函的正本应由发包人（或称为建设单位、业主）进行存档保管。这是因为保函的目的是为了保障发包人在缺陷责任期内能够获得必要的维修服务或资金补偿，因此发包人需要持有保函的正本以便在需要时进行索赔。

同时，为了确保保函的有效性和可执行性，发包人在存档保管保函时，应仔细核对保函的各项条款，包括保函金额、有效期、索赔条件等，并确保保函符合合同约定和相关法律法规的要求。

此外，虽然保函的正本由发包人存档保管，但承包人作为保函的申请人，也应保留一份保函的副本或相关记录，以便在需要时进行查阅和核对。

最后，需要强调的是，质保金保函的存档和管理应遵循相关法律法规和合同约定，确保保函的合法性和有效性。如果发包人或承包人在保函的管理过程中存在违规行为或疏忽，可能会导致保函失效或无法执行，从而给双方带来不必要的损失和风险。

综上所述，质保金保函的正本通常由发包人进行存档保管，以确保在缺陷责任期内能够获得必要的维修服务或资金补偿。同时，承包人也应保留保函的副本或相关记录以备查阅和核对。