面对员工迟到早退和请假不能直接扣钱的情况，企业确实需要采取更为合理且合法的管理策略。以下是一些建议，希望能为企业提供一些思路：
一、明确规章制度，确保合法合理
首先，企业应制定一套明确、合法且合理的考勤管理制度。这套制度应详细规定迟到、早退、请假等行为的定义、处理方式以及相应的后果。重要的是，制度中的条款必须符合国家法律法规的要求，不能侵犯员工的合法权益。例如，可以设定迟到早退的累计次数达到一定标准后，视为严重违反规章制度，企业有权解除劳动合同，但这一标准必须合理且明确告知员工。
二、采用非经济性惩戒措施
既然不能直接扣钱，企业可以考虑采用其他非经济性的惩戒措施。比如：
警告与记过：对于迟到早退的行为，企业可以首先给予口头或书面警告，并记录在员工的个人档案中。如果行为持续发生，可以进一步给予记过处分。
绩效扣分：将考勤情况纳入员工的绩效考核体系，迟到早退可以导致绩效扣分，进而影响员工的奖金、晋升等。
培训与教育：对于经常迟到早退的员工，企业可以安排专门的培训或教育课程，帮助他们认识到问题的严重性，并改善行为。
三、建立激励机制，鼓励良好行为
除了惩戒措施外，企业还应建立激励机制，鼓励员工按时出勤。比如：
全勤奖：设立全勤奖，对一个月内无迟到早退记录的员工给予一定的奖励。
优秀员工评选：在优秀员工评选中，将考勤情况作为重要的评选标准之一。
晋升机会：在晋升机会的分配上，优先考虑考勤表现优秀的员工。
四、加强沟通与反馈
企业应加强与员工的沟通与反馈，及时了解员工迟到早退的原因，并尽力提供帮助。比如，如果员工因家庭原因或交通问题经常迟到，企业可以考虑调整其工作时间或提供交通补贴等解决方案。同时，企业也应鼓励员工提出改进建议，共同营造良好的工作氛围。
五、依法处理严重违纪行为
对于严重违反考勤制度的行为，如长期迟到早退、旷工等，企业应依法进行处理。在处理前，应确保已经充分告知员工相关规章制度，并给予其陈述和申辩的机会。如果处理决定涉及解除劳动合同等重大事项，还应依法通知工会或职工代表，并确保处理决定的合法性和合理性。
综上所述，面对员工迟到早退和请假不能直接扣钱的情况，企业应通过明确规章制度、采用非经济性惩戒措施、建立激励机制、加强沟通与反馈以及依法处理严重违纪行为等方式来加强管理。这样既能维护企业的正常运营秩序，又能保障员工的合法权益。