若办案人员将员工和老板设为同案，可分以下情况处理：
若认为办案人员定性错误：
- 收集证据：员工和老板应分别收集能证明自身行为性质、与案件关联程度、主观故意等方面的证据。例如，员工可收集工作合同、工作指令记录、工资发放记录等，以证明自己只是履行工作职责，无共同犯罪故意；老板可收集公司经营决策文件、财务记录等，证明自身行为与员工行为有本质区别。
- 提出异议：在侦查阶段，可向公安机关提出书面异议，阐述将两人设为同案的不合理之处，并提供相关证据。在审查起诉阶段，可向检察机关提出，要求检察机关对案件进行审查，纠正错误的定性。在审判阶段，可在法庭上通过辩护律师提出辩护意见，争取法院作出公正判决。
- 申请变更强制措施：如果因被设为同案而被采取刑事强制措施，如拘留、逮捕等，且认为该措施不当，可申请变更强制措施，如取保候审、监视居住等。
若认为办案人员定性基本正确，但量刑情节等方面有差异：
- 强调个人情节：在案件处理过程中，员工和老板应分别强调自身具有的量刑情节，如自首、立功、认罪认罚、退赃退赔、初犯偶犯等。例如，员工若能证明自己是在老板的胁迫下参与犯罪，可主张胁从犯情节，争取从轻或减轻处罚；老板若能积极退赃退赔，可争取从宽处理。
- 争取分别量刑：在审判阶段，通过辩护律师向法院提出分别量刑的请求，阐述两人虽为同案，但在犯罪中的地位、作用、主观恶性等方面存在差异，应分别根据各自情节进行量刑。
若对办案程序有异议：
- 了解程序规定：熟悉刑事诉讼法的相关规定，了解办案人员在立案、侦查、审查起诉、审判等各个阶段的程序要求。例如，了解传唤、拘传的时限，拘留、逮捕的条件和程序等。
- 提出程序违法异议：如果发现办案人员存在程序违法行为，如超期羁押、非法取证等，可向相关部门提出异议。在侦查阶段，可向公安机关的法制部门或上级公安机关提出；在审查起诉阶段，可向检察机关的控告申诉部门提出；在审判阶段，可在法庭上提出，并要求法院对非法证据予以排除。
在整个过程中，建议及时委托专业律师介入。律师可以根据案件具体情况，制定合适的辩护策略，维护当事人的合法权益。如果你还有其他关于刑事案件处理方面的问题，欢迎直接向我咨询。