结论前置：原告预交诉讼费后判由被告承担的，原告可凭相关法律文书向法院申请退还预交费用，再由法院向被告追缴或由被告直接向原告支付。以下是具体处理方式及注意事项：

1. 退费流程
   根据《诉讼费用交纳办法》第53条，案件审结后，诉讼费用由败诉方负担。若原告已预交且法院判决由被告承担，原告需向法院提交《诉讼费用退费申请书》，附上预交凭证（如缴费发票）及生效裁判文书（如判决书、调解书）。法院审核通过后，会将预交费用退还原告账户，退费周期通常为15-30个工作日。

2. 被告支付方式

   • 法院追缴：法院在退还原告费用后，会向被告发出《诉讼费用缴纳通知书》，要求其限期缴纳。若被告未履行，法院可采取强制执行措施（如冻结账户、划扣财产）。
     
   • 直接支付：若双方在调解或判决中明确约定由被告直接向原告支付，原告可凭生效文书要求被告履行。若被告拒付，原告可申请法院强制执行。

3. 特殊情形处理

   • 部分败诉：若原、被告均需承担部分诉讼费（如原告部分诉求被驳回），法院会按责任比例划分费用。原告仅能申请退还其预交中应由被告承担的部分。
     
   • 二审改判：若二审改判由被告承担诉讼费，原告需向二审法院申请退费，并提交一审预交凭证及二审判决书。
     
   • 被告下落不明：若被告无法联系或拒不履行，法院会公告送达缴费通知，逾期仍不缴纳的，直接启动强制执行程序。

4. 注意事项

   • 时效性：原告需在判决生效后及时申请退费，避免因超期（通常为1年内）导致法院不予受理。
     
   • 材料完整性：申请退费时需确保材料齐全，否则可能被退回补充，延长退费周期。
     
   • 执行风险：若被告无财产可供执行，原告可能面临退费延迟或部分无法追回的风险，此时可申请将被告纳入失信被执行人名单。

建议：若您已拿到生效裁判文书，可优先联系法院退费窗口确认具体流程；若被告拒不履行，可委托律师向法院申请强制执行以保障权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。