针对您提出的“公司员工掉分店打卡怎么处理”的问题，这实际上涉及到员工考勤管理以及公司规章制度执行的问题。以下是我根据相关法律法规和实际案例，为您提供的详细解答：

一、明确公司规章制度

首先，公司应确保有明确的考勤管理制度，并且该制度已经通过民主议定程序制定，同时进行了公示告知，确保员工知晓并认可。制度中应明确规定打卡地点、打卡时间、异常打卡的处理方式等，特别是对于“掉分店打卡”（即非指定地点打卡）的情况，应有明确的界定和处罚措施。

二、分析员工掉分店打卡的原因

1. 故意违规：员工可能出于个人原因，如方便、偷懒等，故意在非指定地点打卡。
2. 误解或疏忽：员工可能对公司规定的打卡地点不熟悉，或者由于疏忽大意而打错了地点。
3. 工作需要：在某些特殊情况下，员工可能因工作需要（如外出办事、紧急任务等）而无法在指定地点打卡。

三、根据不同情况采取相应措施

1. 故意违规：

   • 对于故意在非指定地点打卡的员工，公司应依据规章制度进行严肃处理，如警告、罚款、甚至解除劳动合同等。
   • 在处理过程中，公司应确保证据充分，如通过监控录像、打卡记录等证明员工的违规行为。

2. 误解或疏忽：

   • 对于因误解或疏忽而打错地点的员工，公司应首先进行教育和提醒，帮助员工了解正确的打卡方式和地点。
   • 如果员工能够及时纠正错误并承诺不再犯，公司可以考虑给予一定的宽限期或减轻处罚。

3. 工作需要：

   • 对于因工作需要而无法在指定地点打卡的员工，公司应要求员工提前提交外出申请或说明情况，并经过审批同意后方可进行。
   • 在这种情况下，公司应认可员工的实际出勤情况，并确保员工的工资、奖金等劳动报酬不受影响。

四、加强沟通和培训

• 公司应定期组织员工进行考勤管理制度的培训和宣讲，确保员工了解并遵守相关规定。
• 同时，公司应建立畅通的沟通渠道，鼓励员工对考勤管理制度提出意见和建议，以便不断完善和优化制度。

五、参考实际案例

在实际操作中，公司可以参考类似案例的处理方式。例如，在吉林省长春市中级人民法院审理的一起劳动争议纠纷中，员工因多次在非指定地点打卡被解除劳动合同，法院最终认定公司解除劳动合同的行为合法合规。这为公司处理类似情况提供了有益的参考。

综上所述，对于公司员工掉分店打卡的问题，公司应首先明确规章制度，然后根据不同情况采取相应措施，并加强沟通和培训。在处理过程中，公司应确保证据充分、程序正当，以避免不必要的纠纷和损失。