结论前置：入职时只签了就业协议书而没有签劳动合同，对劳动者和用人单位都可能产生一定的法律后果。劳动者可能面临劳动关系证明困难、部分权益难以保障等问题，但有权要求用人单位签订正式劳动合同并主张双倍工资赔偿；用人单位则可能面临支付双倍工资、被视为已订立无固定期限劳动合同、面临行政部门处罚等风险。
对劳动者而言
劳动关系证明与权益保障：
- 就业协议书通常内容较为简单，可能仅涉及初步入职事项，如入职时间、职位等，而缺乏劳动合同中应具备的详细条款，如工作内容、工作地点、劳动报酬、社会保险等。因此，在证明劳动关系存在时，劳动者可能面临一定困难。
- 若就业协议书未涵盖劳动合同的核心条款，劳动者在工伤认定、工资支付争议等情况下可能举证困难，影响权益维护。此外，未签劳动合同还可能导致社保缴纳不规范，影响劳动者享受相应社保待遇，如医疗保险、养老保险等。
主张双倍工资赔偿：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。因此，劳动者有权要求用人单位就未签合同期间支付双倍工资差额。
- 劳动者在主张双倍工资赔偿时，需收集并保留好相关证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录、同事证言等，以证明劳动关系存在及未签劳动合同的事实。
与用人单位协商与投诉：
- 劳动者应积极与用人单位沟通，表达签订正式劳动合同的意愿，并了解未签合同的具体原因。若用人单位拒绝签订劳动合同或侵犯劳动者权益，劳动者可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
对用人单位而言
支付双倍工资的风险：
- 如前所述，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，需向劳动者每月支付二倍的工资。这一规定旨在督促用人单位及时与劳动者签订劳动合同，保障劳动者的合法权益。
视为已订立无固定期限劳动合同：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十四条，用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。无固定期限劳动合同增加了用人单位在解除和终止劳动关系方面的限制，提高了用工稳定性要求和成本。
面临行政部门处罚：
- 劳动行政部门可责令用人单位改正未签劳动合同的行为，逾期不改的，可按每人五百元以上一千元以下的标准处以罚款。这一处罚不仅影响企业声誉，还可能在招投标、市场准入等方面受到限制。
规范用工管理的建议：
- 为避免上述风险，用人单位应及时与劳动者签订书面劳动合同，明确双方权利义务。同时，完善公司用工管理制度，从招聘到合同签订等各环节进行规范化操作。建立劳动合同管理台账，记录员工合同签订情况，确保不再出现类似问题。
综合建议：无论是劳动者还是用人单位，在面对入职时只签了就业协议书而没有签劳动合同的情况时，都应积极采取措施维护自身权益。劳动者应主动要求签订正式劳动合同，并收集好相关证据以备不时之需；用人单位则应规范用工管理，及时与劳动者签订劳动合同，确保劳动关系的合法性和稳定性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。