私自拆除农田灌溉机井房是否违法，需视具体情况而定，但通常情况下，未经许可擅自拆除可能涉及违法。以下从不同角度进行分析：
一、从土地管理法规角度
农田灌溉机井房通常建设在农田或相关土地上，这些土地的使用和管理受到《中华人民共和国土地管理法》等法律法规的规范。如果机井房的建设和使用是合法的，且拆除行为未经相关部门（如土地管理部门、水利部门等）的批准或许可，那么这种擅自拆除的行为很可能违反了土地管理法规，可能面临行政处罚，包括但不限于罚款、责令恢复原状等。
二、从水利设施保护角度
农田灌溉机井房作为水利设施的一部分，其保护和管理也受到《中华人民共和国水法》等相关法律法规的规范。水利设施是保障农业灌溉、防洪排涝等重要功能的基础设施，擅自拆除可能破坏水利设施的完整性和功能性，影响农业生产和防洪安全。因此，未经许可擅自拆除水利设施，包括机井房，可能构成违法行为，需要承担相应的法律责任。
三、从相邻关系与权益保护角度
如果机井房的建设和使用涉及到相邻土地或权益人的利益，那么拆除行为还需考虑相邻关系和权益保护的问题。根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。如果拆除机井房对相邻土地或权益人的利益造成损害，那么拆除行为可能构成侵权，需要承担民事赔偿责任。
四、特殊情况下的合法拆除
当然，也存在一些特殊情况下的合法拆除。例如，如果机井房已经老化、损坏严重，无法修复或继续使用，且经过相关部门批准或许可，那么进行拆除可能是合法的。但即便如此，拆除过程中也需遵守相关法律法规和规定，确保拆除行为的安全性和合规性。
建议：
如果您有关于农田灌溉机井房拆除的具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。