农民自己打井灌溉是否违法，需根据具体情况判断，主要取决于是否依法办理了取水许可手续、取水的具体来源和用途，以及是否对生态环境和他人权益造成损害。以下从不同角度进行详细分析：
一、合法打井的情况
集体经济组织内的水资源使用：
- 根据《取水许可和水资源费征收管理条例》第四条第一项规定，农村集体经济组织及其成员使用本集体经济组织的水塘、水库中的水进行农田灌溉，通常不需要申请领取取水许可证。例如，农民在自家承包地内，经村委会同意后打井，且所取水源属于集体经济组织所有，用于农业生产，即属于此范畴。
遵循相关规定和要求：
- 农民在打井时，还需按照当地水利等相关部门的要求和规定进行，确保不对公共利益和他人合法权益造成损害。这包括打井地点的选择、井深的设计、取水量的控制等，都需符合相关规定。
二、可能违法的情况
未经批准擅自打井：
- 若打井行为涉及地下水资源的开采，且未依照相关法律法规进行申请和审批（除符合《取水许可和水资源费征收管理条例》第四条规定不需申请取水许可证的情形外），则构成违法行为。此时，无论取水用途如何，都需依法办理取水许可手续。例如，农民未经批准在自家承包地内打井取用地下水进行灌溉，就可能面临法律责任。
破坏生态环境：
- 在生态脆弱地区，如地下水超采区、水源涵养地等，政府有严格的水资源保护政策。在这些区域违规打井，导致地下水位下降、生态平衡破坏等环境问题，同样属于违法行为。例如，在地下水超采区打井灌溉，可能加剧地下水水位下降，影响周边生态环境和居民用水安全。
影响他人权益：
- 打井过程中若因选址不当等原因，对相邻土地的使用人或其他村民的合法权益造成侵害，如导致相邻土地塌陷、影响他人原有水源等，这种行为可能构成民事侵权，并可能违反相关法律法规。例如，农民在打井时未注意选址，导致相邻土地因地下水抽取而塌陷，就需承担相应的法律责任。
三、违法后果
对于上述违法行为，县级以上人民政府水行政主管部门或流域管理机构将依据职权采取以下措施：
- 责令停止违法行为，限期采取补救措施；
- 处以二万元以上十万元以下的罚款；
- 情节严重的，还可能被吊销取水许可证。
四、注意事项与建议
为避免触犯法律并承担相应的法律责任，建议农民在进行打井灌溉前，务必注意以下几点：
- 了解法律法规：先向当地水行政主管部门了解相关法律法规和政策要求，确保打井行为符合规定。
- 依法办理手续：如需开采地下水资源，应依法申请领取取水许可证，并缴纳水资源费。
- 保护生态环境：合理开发和保护水资源，避免过度开采造成生态环境破坏。特别是在生态脆弱地区，要严格遵守政府的水资源保护政策。
- 尊重他人权益：在打井过程中，应注意选址合理，避免对相邻土地的使用人或其他村民的合法权益造成侵害。
总结来说，农民自己打井灌溉是否违法需综合考虑多个因素。为确保行为的合法性，建议农民在打井前充分了解相关法律法规和政策要求，并依法办理相关手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。