在涉及交通肇事罪的案件中，当犯罪嫌疑人选择认罪认罚时，这确实是一个重要的考量因素，但并不能直接预示检察院会作出不起诉决定。检察院在决定是否起诉时，会综合多方面因素进行细致分析。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与不起诉的法定情形
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，检察院在特定情况下可以作出不起诉决定。这主要包括：
犯罪情节轻微：若交通肇事行为造成的后果极其轻微，如仅造成微小财产损失，无人员伤亡，且行为人主观恶性小，可能因法律知识缺乏而误认犯罪，此情况下检察院可能依法作出不起诉决定。
其他法定情形：包括犯罪已过追诉时效、经特赦令免除刑罚、属于告诉才处理的犯罪且无告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人/被告人死亡、以及其他法律特别规定免予追究刑事责任的情形。在这些情况下，即便犯罪嫌疑人认罪认罚，检察院也应不予起诉。
二、酌定不起诉的情形
除了法定不起诉外，检察院在交通肇事罪中还可能根据案件具体情况作出酌定不起诉决定。这通常发生在：
三、证据不足不起诉
若案件关键证据缺失或矛盾，如交通肇事现场监控不清、证人证言冲突，无法明确事故责任，导致证据不足以支持起诉，即使犯罪嫌疑人认罪认罚，检察院也不得提起公诉。经补充侦查后仍证据不足的，检察院应作出不起诉决定。
四、综合考虑因素与结论
检察院在决定是否起诉时，会全面审查案件事实、性质、情节及社会危害程度。认罪认罚是从宽处理的情节，但不是唯一决定因素。检察院还需考虑犯罪行为的严重性、犯罪嫌疑人的悔罪态度、社会影响等因素。对于具有自首、立功等情节的犯罪嫌疑人，检察院可能从轻或减轻处罚，甚至可能获得不起诉的处理。
五、建议
面对交通肇事罪或其他刑事案件，建议当事人及其家属尽早寻求专业律师的帮助。律师能够准确理解案情，合理运用法律条款，为当事人制定有效的辩护策略，争取最有利的法律结果。同时，当事人也应积极配合调查，如实供述罪行，积极赔偿被害人损失，以展现悔罪态度，争取检察院的从宽处理。
综上所述，交通肇事罪中的认罪认罚行为虽是一个重要的从宽处理情节，但并不能直接预示检察院会作出不起诉决定。检察院将依据案件的具体情况，包括但不限于犯罪事实、性质、社会危害性、悔罪表现及赔偿情况等，进行综合评估后依法作出决定。