关于工厂工人在车间抽烟罚款是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要综合考虑多个因素。以下是对此问题的详细分析：
一、法律层面的考量
工厂无直接行政处罚权：
- 工厂作为非行政机关，并不具备直接的行政处罚权。因此，从严格的法律意义上讲，工厂直接对员工处以罚款（作为行政处罚）是不合法的。
规章制度与劳动合同的约束：
- 合法情形：若工厂有明确的规章制度，规定在特定区域（如易燃易爆生产车间）禁止抽烟，并且该规章制度经过合法程序制定（如民主程序、公示等），内容不违反法律法规，同时员工已知晓并同意该规章制度（通常通过劳动合同或入职培训、告知等方式实现），那么当员工违反规定抽烟时，工厂可以依据规章制度采取合理处理措施，如扣除绩效奖金、警告、记过等，而非直接罚款。这种处理方式基于双方约定和管理需要，通常被视为合法。
- 不合法情形：若工厂没有相关合法有效的规章制度支撑，或规章制度未经过合法程序制定、内容违法，或罚款过重、不合理，或未事先与员工约定，则对员工的罚款行为可能构成不合法。
工作环境安全与健康：
- 工厂有责任提供安全健康的工作环境，并采取必要措施保护员工免受危害。这包括制定并执行关于抽烟等可能危及工作环境安全的规章制度。然而，这并不意味着工厂可以直接对员工进行罚款，而是应通过合法合规的管理手段来维护工作环境的安全与健康。
二、实际操作中的建议
对于工厂：
- 确保规章制度的合法性、有效性和透明度。规章制度应经过合法程序制定，内容不违反法律法规，并明确告知员工。
- 避免直接以罚款作为管理手段。可以考虑采用其他合理的管理措施，如扣除绩效奖金、警告、记过等，来维护工作环境的安全与秩序。
- 加强安全教育，提高员工的安全意识，让他们了解抽烟可能带来的安全隐患和后果。
对于员工：
- 了解并遵守工厂的规章制度。在入职时或工作过程中，应仔细阅读并理解工厂的规章制度，特别是关于抽烟等可能危及工作环境安全的规定。
- 如有疑问或认为受到不公正对待，可向劳动部门投诉或寻求专业法律人士的帮助。员工有权维护自己的合法权益，不应被非法罚款或受到不公正待遇。
三、举例说明
- 合法情形：某化工工厂制定了安全生产规章制度，明确规定在生产车间等易燃易爆区域禁止抽烟，并经过了职工代表大会讨论通过及全体员工公示。员工小李违规在车间抽烟，工厂根据规章制度扣除了他当月的部分绩效奖金。此情况下，由于工厂有合法有效的规章制度且员工已知晓并同意，工厂的处理方式通常是合法的。
- 不合法情形：某工厂仅通过口头通知就对在厂区内抽烟的员工进行罚款，且未履行合法程序或与员工进行事先约定。这种罚款行为缺乏依据，是不合法的。
综上所述，工厂工人在车间抽烟罚款的合法性取决于多个因素，包括规章制度的合法性、员工的知情与同意、罚款的合理性以及相关法律法规的遵循情况。在具体操作中，工厂应确保各项措施的合法性和合规性，以维护双方的合法权益。员工也应了解并遵守工厂的规章制度，如有疑问或认为受到不公正对待，可寻求法律援助以维护自己的权益。