逾期付款违约金每日万分之五是否合法，需结合具体合同类型、实际损失情况、法律法规的强制性规定以及合同双方的自愿性等多种因素综合判断，但通常情况下，只要不违反法律法规的强制性规定，该约定是有效的。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同约定与法律规定
合同约定：
- 根据合同自治原则，合同双方有权在合同中约定逾期付款违约金的计算方式，包括每日万分之五的比例。只要该约定是双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定，该约定通常是合法有效的。
法律规定：
- 《中华人民共和国民法典》第五百八十五条规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这为合同双方约定逾期付款违约金提供了法律依据。
- 同时，该法条也规定，约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。这意味着，虽然合同双方可以约定违约金，但违约金的数额并非完全不受限制，而是需要与实际损失相匹配。
二、违约金的合理性判断
实际损失情况：
- 法院在判断违约金是否过高时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、预期利益以及实际损失等因素。如果违约金的数额超过了实际损失的30%，则可能被视为过高。因此，每日万分之五的违约金比例是否合法，还需结合具体合同金额、违约期限及实际损失等具体情况来判断。
特殊领域的限制：
- 在某些特殊领域，如金融借款合同中，违约金与利息、复利等总计不能超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。若每日万分之五的违约金与其他费用合计超过此标准，超出部分可能不会得到法院的支持。
三、实际操作中的建议
合同签订时：
- 在签订合同时，双方应充分协商并明确约定逾期付款的违约金条款，包括违约金的数额、计算方式及支付期限等。确保违约金条款既具有威慑力又不至于过分苛刻，以维护合同的公平性和可执行性。
纠纷发生时：
- 如果发生逾期付款的情况，双方应首先尝试通过友好协商解决纠纷。协商不成时，守约方可依据合同约定或法律规定向法院或仲裁机构提起诉讼或仲裁请求，以维护自身合法权益。在此过程中，违约方也可以根据实际情况请求法院或仲裁机构对过高的违约金进行适当减少。
四、示例说明
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定乙方向甲方购买一批货物，总价款为100万元，付款期限为合同签订后30日内。同时约定，如乙方逾期付款，需按每日万分之五的比例向甲方支付违约金。若乙方逾期付款10日，则需支付的违约金为：100万元 × 0.0005 × 10日 = 5000元。若该违约金数额未超过甲方因乙方逾期付款所造成的实际损失的30%，则该约定是合法有效的。
综上所述，逾期付款违约金每日万分之五的合法性需根据具体合同及相关法律规定来确定。在签订合同时，双方应充分考虑实际损失情况、合同类型及法律法规的要求，合理约定违约金比例或数额。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。