关于水厂工程项目市政府批复用地是否合法的问题，不能一概而论，需结合具体情况分析。以下从不同角度进行详细阐述：
一、合法性判断的核心要素
批复程序是否合法：
- 市政府在批复水厂工程项目用地时，必须遵循法定程序，包括但不限于项目立项、规划审批、环境影响评价、土地征收或划拨等环节。若任何一环节存在程序瑕疵或违法，都可能影响批复的合法性。
- 例如，若土地征收未按照《土地管理法》的规定进行公告、听证、补偿等程序，则征收行为可能被视为违法，进而影响市政府用地批复的合法性。
批复内容是否符合规划：
- 市政府批复的用地必须符合城市总体规划、土地利用总体规划以及专项规划等。若批复用地与规划不符，则批复可能因违反规划而无效。
- 例如，若水厂工程项目用地被规划为绿地或住宅用地，而市政府却批复为工业用地，则该批复显然违法。
批复是否侵犯合法权益：
- 市政府在批复用地时，必须确保不侵犯公民、法人或其他组织的合法权益，如土地使用权、相邻权等。若批复导致他人合法权益受损，且未给予合理补偿或安置，则批复可能因侵犯权益而无效。
- 例如，若水厂工程项目用地涉及农民集体所有的土地，而市政府未依法进行征收补偿，则农民有权对批复的合法性提出质疑。
二、合法性判断的法律依据
- 《土地管理法》：该法规定了土地征收、划拨、使用等程序和要求，是判断市政府用地批复是否合法的重要依据。
- 《城乡规划法》：该法规定了城市总体规划、土地利用总体规划以及专项规划的编制、审批和实施要求，是判断批复用地是否符合规划的关键法律。
- 《行政许可法》：若市政府用地批复涉及行政许可事项，如建设用地规划许可、建设工程规划许可等，则需遵循该法的规定。
三、合法性争议的解决途径
- 行政复议：若认为市政府用地批复违法，相关利害关系人可以向上一级人民政府或相关行政机关申请行政复议，请求撤销或变更批复。
- 行政诉讼：若对行政复议结果不服，或认为行政复议机关未依法履行职责，相关利害关系人可以向人民法院提起行政诉讼，请求法院判决撤销或变更批复。
四、建议与提醒
- 核实批复程序与内容：在质疑市政府用地批复合法性时，应首先核实批复的程序是否合法、内容是否符合规划以及是否侵犯合法权益。
- 咨询专业律师：由于土地法律问题复杂且专业性强，建议相关利害关系人在质疑或维权过程中咨询专业律师，以获取更准确、全面的法律意见。
若您对水厂工程项目市政府批复用地的合法性有具体疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将结合您的具体情况，提供更详细、专业的法律解答。