针对您提出的问题“女孩未满16周岁怀孕，如何起诉男孩”，这实际上涉及到了两个层面的法律问题：一是女孩的权益保护，二是可能涉及的男孩的法律责任。以下我会从这两个方面为您详细解答。
一、女孩的权益保护
监护权与抚养权：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，父母是未成年子女的监护人，双方平等享有对未成年子女抚养、教育和保护的权利。若女孩因怀孕而需要特殊照顾，其监护人（通常是父母）有权要求男孩及其家庭承担相应的责任，包括但不限于医疗费用、生活费用等。
- 若女孩与男孩之间存在争议，且无法协商解决，女孩的监护人可以向人民法院提起诉讼，要求法院根据最有利于被监护人的原则，判决抚养、教育和保护的具体安排。
身体权与健康权：
- 女孩因怀孕而可能面临的身体健康风险，其监护人有权要求男孩及其家庭提供必要的医疗支持和帮助。
- 若男孩的行为对女孩的身体造成了伤害，女孩的监护人还可以依法追究男孩的民事赔偿责任，包括医疗费、护理费、营养费等。
二、男孩的法律责任
刑事责任：
- 根据《最高人民法院关于审理未成年人刑事案件具体应用法律若干问题的解释》的相关规定，若男孩与未满14周岁的女孩发生性关系，无论女孩是否自愿，男孩均可能构成强奸罪，并需承担相应的刑事责任。
- 若女孩已满14周岁但未满16周岁，且男孩与女孩发生性关系时明知女孩未满16周岁，或者虽不明知但女孩确实未满16周岁，且情节严重的（如导致女孩怀孕等），男孩也可能构成犯罪，并需承担刑事责任。但需注意，若情节轻微、未造成严重后果的，可能不认为是犯罪，这需根据具体情况由司法机关判断。
民事责任：
- 无论男孩是否构成犯罪，若其行为对女孩造成了损害（如身体伤害、精神损害等），女孩的监护人均有权要求男孩承担民事赔偿责任。
三、起诉流程
收集证据：
- 女孩的监护人需要收集相关证据，包括但不限于医疗记录、证人证言、聊天记录等，以证明男孩的行为与女孩怀孕之间的因果关系，以及女孩因此遭受的损害。
咨询律师：
- 在起诉前，建议女孩的监护人咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能面临的法律风险，以便更好地维护女孩的权益。
提起诉讼：
- 女孩的监护人可以向人民法院提起民事诉讼或刑事诉讼（若男孩构成犯罪），要求法院根据事实和法律作出公正判决。
参与诉讼过程：
- 在诉讼过程中，女孩的监护人需要积极参与，提供证据、陈述事实、表达诉求，并配合法院的调查和审理工作。
四、特别提示
- 鉴于女孩未满16周岁，属于未成年人，其监护人在处理此类事务时应特别谨慎和负责，确保女孩的身心健康和合法权益得到充分保护。
- 若女孩因怀孕而面临心理压力或困扰，建议及时寻求专业心理咨询师的帮助，以缓解心理压力、调整心态。
希望以上解答能对您有所帮助。若您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询。