针对您提出的问题，关于男孩不满16岁，女孩16岁孩子怀孕，法院如何判决，这主要取决于双方发生性关系时的具体情况以及女方的意愿。以下是根据不同情况可能的法律后果进行的详细解答：
一、双方自愿发生性关系
- 法律判定：如果双方是自愿发生性关系，且女方已满16周岁，具有一定性自主能力，那么男方不构成犯罪，不会被判刑。
- 民事责任：虽然从法律层面不构成犯罪，但从道德和民事责任角度看，因女方未成年，身心发育尚未完全成熟，男方可能需要承担一定民事责任，如支付流产相关费用或孩子出生后的抚养费等。
二、男方违背女方意志强行发生性关系
- 法律判定：如果男方违背女方意志，使用暴力、胁迫等手段强行与其发生性关系，致其怀孕，男方构成强奸罪。依据刑法规定，以暴力、胁迫或其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。若情节恶劣，如强奸妇女多人、在公共场所当众强奸妇女等，将处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。
三、特殊情况的法律判定
- 负有照护职责人员性侵罪：如果男方是对已满14周岁不满16周岁的未成年女性负有监护、收养、看护、教育、医疗等特殊职责的人员，与其发生性关系致其怀孕，即使女方自愿，男方也构成负有照护职责人员性侵罪。
四、建议与行动
- 寻求法律帮助：如果发现此类情况，建议及时寻求专业法律帮助，通过合法途径维护自身权益。
- 医疗救助：同时，也建议女方及时寻求医疗救助，确保自身健康和安全。
综上所述，法院如何判决将取决于具体的事实和证据，以及双方发生性关系时的具体情况和女方的意愿。如果涉及此类情况，建议尽快咨询专业律师，以便更准确地了解法律后果并采取相应的行动。