自营司机合作协议书是可以签订的，但需谨慎审查协议内容并确保其合法合规，以保障双方权益。以下从多个角度为你详细分析：

一、协议签订的合法性基础

自营司机合作协议书，本质上是一种民事合同，只要双方具备相应的民事行为能力，意思表示真实，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该协议就是合法有效的。因此，从法律层面讲，自营司机合作协议书是可以签订的。

二、协议签订的必要性

1. 明确双方权利义务：通过签订协议，可以明确自营司机与合作方（如物流公司、平台等）之间的权利义务关系，包括工作内容、工作时间、报酬支付、违约责任等，有助于减少纠纷的发生。
2. 保障双方权益：协议中可以设定一些保障条款，如保险条款、安全条款等，以保障自营司机的合法权益不受侵害。同时，也可以设定一些约束条款，以规范自营司机的行为，确保合作方的利益不受损失。
3. 解决纠纷的依据：一旦双方发生纠纷，协议可以作为解决纠纷的重要依据。通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷时，协议中的条款将起到至关重要的作用。

三、协议签订的注意事项

1. 审查协议内容：在签订协议前，务必仔细审查协议内容，确保协议条款明确、具体、合法。特别是要注意协议中的免责条款、违约责任条款等，以免因条款不明确或违法而损害自身权益。
2. 了解合作方信誉：在签订协议前，应对合作方的信誉进行了解。可以通过查询合作方的工商注册信息、经营状况、用户评价等方式，评估合作方的信誉状况。避免与信誉不佳的合作方签订协议，以免遭受损失。
3. 咨询专业律师：如果对协议内容存在疑问或不确定的地方，建议咨询专业律师。律师可以根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和建议，帮助你更好地理解和把握协议内容。

四、可能存在的法律风险及防范

1. 合同欺诈风险：一些不法分子可能利用自营司机对法律知识的缺乏，通过签订虚假协议或隐瞒重要事实等方式进行欺诈。因此，在签订协议前，务必对合作方的身份和信誉进行核实，避免上当受骗。
2. 违约责任风险：如果协议中约定的违约责任过于苛刻或不明确，可能导致自营司机在违约时承担过重的责任。因此，在签订协议时，应合理设定违约责任条款，确保双方权益的平衡。
3. 劳动权益保障风险：自营司机与合作方之间可能存在劳动关系或劳务关系。如果协议中未明确双方的关系性质或未按照相关法律法规保障自营司机的劳动权益，可能导致自营司机在劳动权益方面受到侵害。因此，在签订协议时，应明确双方的关系性质，并按照相关法律法规保障自营司机的劳动权益。

如果你在签订自营司机合作协议书过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。