自营店可以签订三方协议，但具体能否签订以及签订后的效力，需根据自营店的具体性质、协议内容以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、自营店作为民事主体的资格
自营店，无论是作为个体工商户还是其他形式的经济实体，只要完成了工商登记等手续，就具备了合法的经营主体资格。这意味着自营店在法律上享有从事经营活动的民事权利能力和民事行为能力，可以与其他民事主体签订合同，包括三方协议。
二、三方协议的法律基础与定义
三方协议通常涉及三个不同的民事主体，旨在明确各方在特定事务中的权利和义务。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。因此，自营店作为经济实体，在合法经营范围内有权与其他民事主体签订三方协议。
三、自营店签订三方协议的具体情况
毕业生就业三方协议：
- 如果自营店是作为用人单位，与应届毕业生、学校签订三方协议，这是完全可行的。个体工商户等自营店形式，在法律上具备用工主体资格，能够承担用人单位相应的权利和义务。
- 签订流程通常包括：毕业生领取三方协议，填写相关信息并签字；自营店加盖公章确认录用意向；最后将协议交回学校就业指导中心审核并加盖公章，三方协议即生效。
其他类型的三方协议：
- 自营店还可以与其他民事主体（如供应商、消费者、合作伙伴等）签订三方协议，以明确各方在商品销售、采购、合作等具体事项中的权利和义务。
- 这类协议的内容应围绕具体事务展开，包括但不限于商品供应、销售价格、质量标准、售后服务、合作方式、利润分配等。
四、签订三方协议的注意事项
协议内容的合法性：
- 协议内容必须符合国家法律法规的规定，不得违反强制性规定或违背公序良俗。
- 特别是涉及毕业生就业的三方协议，还需遵守教育部等相关部门关于毕业生就业的政策和规定。
各方主体的资格与意思表示：
- 确保协议中的各方主体均具备相应的民事行为能力，且意思表示真实、自愿。
- 自营店作为一方主体，应确保其经营活动的合法性和合规性，避免因主体资格问题导致协议无效。
协议条款的明确性与完整性：
- 协议应详细列明各方的权利和义务，包括履行方式、期限、违约责任等关键条款。
- 特别是涉及复杂事务或高风险领域的三方协议，更应注重条款的明确性和完整性，以避免后续纠纷。
协议的签订与存档：
- 协议签订前，各方应认真审查协议内容，确保无误后再签字盖章。
- 协议生效后，各方应自留一份存档备查，以备后续查阅和纠纷解决之需。
五、法律后果与风险提示
- 如果自营店签订的三方协议内容合法、各方主体资格完备且意思表示真实，则该协议具有法律效力，各方应严格履行协议义务。
- 若协议存在违法违规内容或主体资格问题，则可能导致协议无效或被撤销，给各方带来不必要的法律风险和经济损失。
总结与建议：自营店在符合相关法律规定且完成工商登记等手续后，具备签订三方协议的主体资格。但在签订过程中，需特别注意协议内容的合法性、各方主体的资格与意思表示、协议条款的明确性与完整性以及协议的签订与存档等事项。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。