使用合同专用章签订的合同，在符合相关法律法规的前提下，通常是有效的。以下是对此问题的详细分析：
法律依据与有效原理
根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这里的“盖章”明确包括了合同专用章。合同专用章是公司专门用于签订合同的印章，代表公司的意志和愿意受合同约束的意思表示。因此，当双方当事人在合同上加盖合同专用章时，通常意味着合同已成立，且在不存在其他无效情形时，该合同是有效的。
合同有效的关键条件
主体具有相应民事行为能力：
- 签订合同的双方当事人必须具备相应的民事行为能力。对于企业而言，需是依法设立并有效存续的法人或非法人组织；对于自然人，则需具备完全民事行为能力。若一方不具备相应能力，合同效力将存在瑕疵。
意思表示真实：
- 双方在签订合同时的意思表示必须真实，不得存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。否则，受影响的一方有权请求法院或仲裁机构撤销合同。
不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：
- 合同内容必须符合法律法规的规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。若合同内容涉及违法犯罪活动或违背公序良俗，则该合同无效。
特殊情况及影响
尽管合同专用章的使用一般能确保合同的效力，但在以下特殊情况下，合同的效力可能受到影响：
超越权限使用合同专用章：
- 若盖章人员未经授权或超越授权范围使用合同专用章签订合同，且相对方知情或应当知情，则代表行为可能无效。但如相对方有理由相信行为人有代理权，构成表见代理，合同仍有效。例如，员工擅自超出授权范围签订合同，而对方有合理理由相信其有代理权，合同可能仍然有效。
印章系伪造、变造：
- 若合同上加盖的合同专用章为伪造或变造，且对方当事人对此不知情，合同的效力将受到影响。此时需判断相对方是否构成善意取得。若相对方为善意，且符合合同有效的其他条件，可能需要由伪造、变造印章的一方承担法律责任。
实践建议
为确保合同的合法性和有效性，建议在签订合同时采取以下措施：
- 确认身份与权限：在签订合同前，务必确认对方的身份和签约权限，特别是要核实盖章人员是否具备使用合同专用章的权限，以避免因超越权限而导致的合同效力问题。
- 审查合同内容：仔细审查合同内容，确保其不违反法律法规的强制性规定，也不违背公序良俗。对于涉及重要事项或大额资金的合同，建议咨询专业法律人士进行审核。
- 保留证据：在合同签订过程中，保留好相关证据，如合同文本、签约过程记录等，以备后续可能出现的纠纷解决之需。
综上所述，使用合同专用章签订的合同在大多数情况下是有效的，但需注意上述特殊情况对合同效力的潜在影响。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。