结论前置：合同中约定“如借款合同无效，保证合同仍然有效”的条款，在一般情况下是无效的，因为保证合同具有从属性，主合同（借款合同）无效时，保证合同原则上亦无效。但需注意，若存在法律另有规定的特殊情形，该约定可能因符合特别规定而有效，不过截至目前，我国现行法律中尚未出现与此相悖的特别规定。

详细分析：

1. 保证合同的从属性原则：

   • 保证合同是主债权债务合同的从合同，其效力依附于主合同（如借款合同）。根据《中华人民共和国民法典》第六百八十二条的明确规定，主债权债务合同无效的，保证合同原则上亦无效。这一原则体现了保证合同的从属性质，即保证合同的存在和效力均以主合同的有效为前提。
   • 实例说明：假设甲与乙签订了一份借款合同，丙作为保证人承诺为乙的借款向甲提供担保。若后续发现该借款合同因违反法律、行政法规的强制性规定而被认定为无效，则丙与甲之间的保证合同也将因此无效，无论合同中是否有“如借款合同无效，保证合同仍然有效”的约定。

2. 特殊情况：法律另有规定的除外：

   • 尽管民法典确立了主合同无效则从合同无效的一般原则，但同时也保留了“法律另有规定的除外”的灵活性。这意味着，在某些特定情况下，即使主合同无效，保证合同也可能因法律的特别规定而保持有效。然而，截至目前，我国现行法律中并未出现与“借款合同无效时保证合同仍然有效”相悖的特别规定。
   • 潜在情形探讨：虽然目前法律未明确规定此类例外，但在国际交易或特殊金融交易中，可能存在基于国际惯例或当事人之间的特殊安排，使得保证合同独立于主合同的效力之外。但这种情况在我国法律体系中极为罕见，且需严格符合法律规定的条件和程序。

3. 合同约定的效力与法律规定的冲突：

   • 合同中的约定不能违反法律的强制性规定。若合同中的约定与法律相悖，则该约定无效，不受法律保护。因此，即使合同中约定了“如借款合同无效，保证合同仍然有效”，若该约定违反了法律的强制性规定（如保证合同的从属性原则），则该约定同样无效。

4. 责任承担与过错分担：

   • 当担保合同（包括保证合同）被确认无效后，若债务人、担保人、债权人中的任何一方存在过错，均应根据其过错程度承担相应的民事责任。这一规定旨在保护各方合法权益，防止因合同无效而导致的不公平结果。因此，在处理此类纠纷时，应综合考虑各方的过错程度，合理分担损失。

总结与建议：

• 在处理借款合同与保证合同的关系时，应首先明确主合同的效力状态，再依据相关法律法规判断保证合同的效力。合同中的约定不能违反法律的强制性规定，否则无效。
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