项目经理变更违约金的计算通常依据双方签订的合同条款来确定。以下是对这一问题的详细解答：
一、违约金计算依据
合同条款：
- 首先，需要查阅合同中关于项目经理更换及违约金的明确条款。这些条款通常会规定违约金的计算方式、金额或比例，以及支付的时间和方式。
- 例如，某些合同可能会规定，若项目经理在工程实施期间因非客观理由被更换，则需支付一定金额的违约金，如50000元，或从合同总价的某个百分比中计算得出。
双方协商：
- 如果合同中没有明确规定违约金的计算方式，或者双方对条款理解存在分歧，可以通过协商来确定违约金的金额。
二、违约金计算方式
固定金额：
- 合同中最常见的是直接规定一个固定的违约金金额，如上述示例中的50000元。这种情况下，违约金的计算相对简单，直接按照合同约定的金额执行即可。
按比例计算：
- 有些合同可能会规定违约金按照合同总价的某个百分比来计算。这种情况下，需要确定合同的总价，并按照约定的百分比计算出违约金的金额。
其他方式：
- 除了固定金额和按比例计算外，还有一些合同可能会采用其他方式来计算违约金，如根据违约的严重程度、对项目的影响程度等因素来综合确定。
三、注意事项
合同条款的明确性：
- 为了避免后续纠纷，合同中关于项目经理更换及违约金的条款应尽可能明确、具体，包括违约金的计算方式、金额、支付时间和方式等。
证据的保留：
- 在处理违约金问题时，应保留好与更换项目经理相关的所有证据，如合同文本、更换通知文件、往来函件等，以备后续纠纷解决之需。
法律途径：
- 如果双方无法就违约金问题达成一致，可以通过法律途径来解决争议，包括协商、调解、仲裁或诉讼等。
综上所述，项目经理变更违约金的计算主要依据双方签订的合同条款来确定。在处理这一问题时，应仔细查阅合同条款，明确违约金的计算方式和金额，并保留好相关证据以备后续使用。如果双方存在分歧或争议，可以通过法律途径来妥善解决。