结论：规划许可四层，但多建了两层的情况下，四层合法部分可以办理产权，但需满足一定条件并履行相应手续；而超建的两层则无法直接办理产权，且可能面临处罚。以下从不同角度详细分析：
一、合法部分（四层）的产权办理
法律依据：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》及相关地方性法规，建筑物若符合规划许可的要求，即建设层数、面积、用途等均与规划许可一致，则该建筑物属于合法建筑，可以依法办理产权登记。
办理条件：
- 需提供完整的规划许可文件，包括规划许可证、施工许可证等。
- 建筑物需通过竣工验收，确保建筑质量、安全等符合相关标准。
- 需缴纳相关税费，如契税、维修基金等。
办理流程：
- 向当地不动产登记机构提交产权登记申请。
- 提供规划许可文件、竣工验收证明、税费缴纳凭证等材料。
- 不动产登记机构审核材料无误后，办理产权登记手续，颁发不动产权证书。
二、超建部分（两层）的产权问题
法律性质：
- 超建部分属于违法建筑，因为其建设层数超出了规划许可的范围，违反了城乡规划法的相关规定。
产权办理：
- 违法建筑无法直接办理产权登记，因为产权登记的前提是建筑物必须合法。
- 超建部分可能面临拆除、罚款等行政处罚，具体处罚措施根据地方性法规和实际情况而定。
处理建议：
- 若希望保留超建部分，需向当地规划部门申请补办规划许可手续，但通常这种申请很难获得批准，因为超建行为已经违反了规划法规。
- 若无法补办规划许可，建议尽快与相关部门沟通，了解处罚措施，并积极配合整改，以减少损失。
三、综合建议
对于合法部分：
- 尽快准备相关材料，向不动产登记机构申请办理产权登记，确保合法权益得到保障。
对于超建部分：
- 咨询当地规划部门或法律专业人士，了解具体处罚措施和整改要求。
- 考虑是否有可能通过合法途径（如申请变更规划许可）来保留超建部分，但需做好无法成功的心理准备。
- 若无法保留超建部分，应积极配合整改，避免进一步的法律风险和损失。
最后，产权办理涉及复杂的法律程序和规定，建议在实际操作中咨询我或当地不动产登记机构、规划部门等，以确保手续的合法性和有效性。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。