在计算员工离职赔偿的工资时，加班费通常不应被减出，而是应作为工资的一部分纳入计算。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，经济补偿的计算基数是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这里的“平均工资”是指劳动者在正常工作时间内应得的工资报酬，通常包括基本工资、奖金、津贴、补贴等货币性收入，加班费也属于工资的一部分。因此，在计算离职赔偿时，加班费不应被减出。

实际操作角度

在实际操作中，如果公司试图将加班费从离职赔偿的计算基数中减出，这可能违反了法律规定，并可能引发劳动争议。员工有权要求公司按照法律规定支付经济补偿，包括加班费在内的所有工资性收入。如果公司拒绝支付，员工可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益。

特殊情况说明

虽然加班费通常应纳入离职赔偿的计算基数，但也存在一些特殊情况。例如，如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了加班费不计入经济补偿的计算基数，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么在这种情况下，加班费可能不会被纳入计算。然而，这种规定在实践中较为少见，且需要严格符合法律法规的要求。

建议

1. 了解公司政策：在离职前，建议你先了解公司的相关政策，特别是关于离职赔偿和加班费计算的规定。
2. 保留证据：如果你认为公司未按照法律规定支付离职赔偿，包括加班费在内的所有工资性收入，建议你保留好相关证据，如工资条、加班记录等。
3. 寻求法律帮助：如果你与公司就离职赔偿问题产生争议，且无法协商解决，建议你及时寻求法律帮助，通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益。

总之，在计算员工离职赔偿的工资时，加班费通常应作为工资的一部分纳入计算。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。