公司赔偿工资时，一般不需要减去加班费，但在计算经济补偿金等特定赔偿时，加班费通常不被包含在内。以下从不同角度为您详细分析：
一、经济补偿金的计算基数
根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条，经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。但这里特意把加班加点工资和特殊情况下支付的工资剔除掉了。也就是说，经济补偿金的计算基数是劳动者在正常工作时间内的工资收入，并不包括加班费。这是因为加班费是劳动者超出正常工作时间劳动所获的额外报酬，有其专门的计算和支付规则，而经济补偿金是对劳动者在正常工作时间内因合同解除或终止所受损失的补偿。
二、赔偿金的性质与计算
赔偿金通常是在用人单位存在违法解除或终止劳动合同等法定情形时，按经济补偿标准的二倍向劳动者支付的。由于经济补偿金的计算基数已经排除了加班费，因此赔偿金的计算同样不包括加班费。赔偿金是对用人单位违法违约行为给劳动者造成损失的赔偿，与加班费这种因额外劳动而获得的报酬性质不同。
三、实际操作中的注意事项
区分赔偿类型：在处理劳动纠纷时，首先要明确是要求经济补偿金还是赔偿金，以及这两种赔偿的具体计算方式和依据。
保留证据：劳动者应保留好与用人单位签订的劳动合同、工资条、加班记录等证据，以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
合法维权：如果用人单位在计算赔偿时故意扣除加班费，劳动者可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等合法途径维护自己的权益。
四、特殊情况下的处理
虽然一般情况下经济补偿金和赔偿金不包括加班费，但在某些特殊情况下，如用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了加班费计入经济补偿金或赔偿金的计算基数，或者双方在协商解除劳动合同时达成了包含加班费的赔偿协议，那么加班费可能会被计入赔偿范围。不过，这种情况需要双方有明确的约定或协议作为依据。
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