结论：不经医疗机构负责人同意，擅自把医师资格证注册在该机构是不合法的。

法律背景与解释：

1. 医师执业注册制度：

   • 根据我国相关法律法规，医师执业必须依法进行注册，取得医师执业证书后，方可按照注册的执业地点、执业类别、执业范围，从事相应的医疗、预防、保健活动。
   • 医师执业注册是医师合法执业的前提，也是保障医疗质量和安全的重要措施。

2. 注册程序与要求：

   • 医师申请执业注册时，需要向拟执业的医疗机构提交相关材料，并经过该医疗机构审核同意后，由医疗机构向所在地县级以上地方人民政府卫生行政部门申请注册。
   • 这一过程中，医疗机构负责人的同意是注册程序的重要一环，未经同意，医师无法完成在该机构的执业注册。

3. 擅自注册的后果：

   • 如果医师未经医疗机构负责人同意，擅自将医师资格证注册在该机构，这违反了医师执业注册的相关规定，属于非法执业行为。
   • 非法执业不仅可能面临卫生行政部门的行政处罚，如罚款、吊销执业证书等，还可能对医师的职业生涯造成严重影响，甚至构成犯罪，依法追究刑事责任。

法律建议：

• 遵守注册程序：医师在申请执业注册时，应严格遵守相关法律法规和注册程序，确保所有手续合法合规。
• 与医疗机构沟通：在申请注册前，医师应与拟执业的医疗机构进行充分沟通，了解该机构的注册要求和流程，确保能够顺利完成注册。
• 维护自身权益：如果医师在注册过程中遇到任何问题或困难，应及时向卫生行政部门或相关法律机构寻求帮助，维护自身合法权益。

可能的情况与应对：

• 如果已擅自注册：如果医师已经擅自将医师资格证注册在某机构，应立即与该机构沟通，说明情况并寻求解决方案。同时，应主动向卫生行政部门报告，接受处理并配合整改。
• 如果面临处罚：如果因擅自注册而面临卫生行政部门的处罚，医师应积极配合调查，如实陈述事实，并依法行使自己的权利，如申请听证、提起行政复议或行政诉讼等。

总之，医师执业注册是医师合法执业的重要前提，必须严格遵守相关法律法规和注册程序。如有任何疑问或困难，建议直接向我咨询，我将为你提供专业的法律帮助。