针对您提出的“已经过了诉讼时效的案件怎么处理”这一问题，我将从债权人和债务人两个角度，结合法律程序和实际操作，为您详细解答。
对于债权人（权利人）
尝试恢复诉讼时效：
- 审查中断与中止事由：首先，您需要仔细审查在诉讼时效期间内是否存在导致诉讼时效中断或中止的法定事由。中断事由可能包括您向债务人主张权利（如发送书面催款函、短信、微信等），或者债务人同意履行义务等；中止事由则可能涉及不可抗力（如自然灾害、突发事件等）或您被债务人控制等。若能收集到相关证据，证明存在中断或中止情况，诉讼时效可重新计算或继续计算。
- 实例应用：例如，如果您在诉讼时效期内曾向债务人发送过催款邮件，并保留了邮件记录，那么这份记录就可以作为中断时效的证据。
友好协商：
- 主动沟通：与债务人进行友好沟通，提醒其债务存在及还款约定。如果债务人基于道德或商业信誉考虑愿意履行，您可以与其达成新的还款协议或让债务人出具书面还款计划，这样诉讼时效将重新起算。
- 实例应用：假设甲欠乙货款，诉讼时效已过，但乙通过诚恳的沟通，使甲承认债务并承诺还款，还写了书面承诺书，此时诉讼时效中断并重新计算。
非诉讼解决途径：
- 第三方调解：您可以寻求人民调解委员会等第三方机构介入调解，促使债务人履行债务。调解成功达成的协议具有合同性质，若债务人不履行，您可以向法院申请司法确认并获得强制执行力。
- 其他法律手段：如果恢复时效无望且协商无果，您可以考虑向法院申请强制执行（前提是债务人有可供执行财产）或向公安机关报案（如果债务人的行为构成犯罪）。
对于债务人（义务人）
谨慎行使时效抗辩权：
- 商业考量：虽然法律赋予您时效抗辩权，但从商业信誉和长远合作角度考虑，您应谨慎决定是否行使。如果基于长期合作或商业形象考虑，您可以选择不提出时效抗辩，继续履行债务以维护良好关系。
- 实例应用：例如，甲公司长期从乙公司采购货物，虽有一笔货款诉讼时效已过，但考虑到长期合作和商业信誉，甲公司选择按时支付。
利用时效优势谈判：
- 谈判筹码：如果您决定行使时效抗辩权，可以在与债权人协商时将其作为谈判筹码，争取更有利的偿还条件（如减少金额、延长期限等）。但需注意方式方法，避免引发纠纷。
- 实例应用：比如，丙欠丁债务，诉讼时效已过，丙在协商时提出因时效问题希望降低还款金额，最终双方达成一致。
特殊情况处理与法院流程
- 法院处理流程：即使案件超过诉讼时效，只要符合立案条件，法院仍应受理。在审理中，法院会自动审查诉讼时效，无论对方是否提出抗辩。若确认案件已超过诉讼时效且无中断、中止等法定事由，法院将判决驳回原告诉讼请求。
- 上诉与再审：如果您作为原告对一审判决不服，认为一审对诉讼时效认定有误，可以在规定期限内上诉，提交上诉状及新证据。如果错过上诉期但认为判决有误，可以在判决生效后六个月内申请再审，但需符合法定情形。
总结与建议
处理过了诉讼时效的案件需要综合考虑多种因素，包括法律法规、证据收集、协商技巧以及商业考量等。作为债权人或债务人，您应根据自身情况和对方态度灵活选择处理方式。同时，建议您充分了解诉讼时效及相关法律规定，并在必要时咨询专业律师以获取具体法律建议和帮助。通过积极采取措施和合理运用法律手段，您可以更好地维护自身权益并促进和谐解决纠纷。