结论前置：拆迁时两个房本写在一个协议上若存在问题，具体该找谁需根据问题类型来确定，可能涉及找拆迁方协商、向相关部门投诉或通过法律途径解决。以下从不同角度进行分析：
一、若问题属于协议内容不明确或存在歧义
与拆迁方协商：
- 情况说明：如果两个房本写在一个协议上，但协议内容对于房屋的补偿、安置等关键条款存在不明确或歧义，首先应当尝试与拆迁方进行协商，明确协议内容，确保双方权益。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同（协议）内容应当明确、具体，避免产生歧义。若因协议内容不明确导致纠纷，双方应首先通过协商解决。
寻求第三方调解：
- 情况说明：若与拆迁方协商无果，可以考虑寻求第三方调解，如社区调解委员会、人民调解委员会等，以中立的角度协助双方达成一致。
二、若问题属于拆迁方违规操作或侵犯权益
向相关部门投诉：
- 情况说明：如果拆迁方在拆迁过程中存在违规操作，如未按照法定程序进行拆迁、未给予合理补偿等，且这些违规行为与两个房本写在一个协议上有关联，可以向当地拆迁管理部门、房地产管理部门或政府相关部门进行投诉。
- 投诉流程：通常需要准备相关证据材料，如房本、拆迁协议、现场照片、视频等，并填写投诉表格或撰写投诉信，详细说明投诉事项和理由。
提起行政诉讼或民事诉讼：
- 行政诉讼：如果认为拆迁方的行政行为（如拆迁决定、补偿决定等）违法或不当，且侵犯了自身合法权益，可以向人民法院提起行政诉讼。
- 民事诉讼：如果因拆迁协议内容不明确或拆迁方违约等导致民事纠纷，可以向人民法院提起民事诉讼，要求拆迁方承担违约责任或赔偿损失。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》和《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，公民、法人或其他组织认为行政行为或民事行为侵犯其合法权益的，有权向人民法院提起诉讼。
三、若问题属于协议签订过程中的欺诈或胁迫
报警处理：
- 情况说明：如果在签订拆迁协议过程中，存在欺诈、胁迫等违法行为，导致两个房本被不当地写在一个协议上，应当立即向公安机关报警，寻求法律保护。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，欺诈、胁迫等行为可能构成犯罪，公安机关有权依法进行调查处理。
申请撤销协议：
- 情况说明：若因欺诈、胁迫等原因签订的拆迁协议，受损害方有权向人民法院或仲裁机构申请撤销该协议。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因欺诈、胁迫等情形签订的合同（协议），受损害方有权请求人民法院或仲裁机构予以撤销。
建议与提醒：在处理此类问题时，建议保留好所有相关证据材料，如房本、拆迁协议、沟通记录、现场照片等，以便在需要时提供证明。同时，如果问题复杂或涉及金额较大，建议及时咨询专业律师，以获取更全面、准确的法律建议。有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详细的解答。