结论前置：

1. 若拆迁协议合法有效且明确两人为共有人：房本应登记为两人共有，智力残疾人的监护人可代为办理相关手续。
2. 若存在程序或实体瑕疵：需通过法律途径确认协议效力或调整产权登记，必要时可申请法院指定监护人参与。

核心前提与法律分析

根据《民法典》第209条、第230条及《国有土地上房屋征收与补偿条例》，拆迁协议的效力及产权登记需结合以下要点处理：

一、拆迁协议的效力认定

1. 协议主体资格

   • 若智力残疾人属于无/限制民事行为能力人，其法定监护人（如父母、配偶）需代为签署协议。若监护人未参与，协议可能因“无权代理”被撤销（《民法典》第144、145条）。
     
   • 关键证据：需提供残疾人证、监护关系证明（如户口本、指定监护人决定书）。

2. 协议内容合法性

   • 协议需明确两人为共有人（按份共有或共同共有），且补偿方式（产权调换/货币补偿）符合征收方案。若协议未明确产权分配，需通过补充协议或诉讼确权。

二、房本登记的办理路径

1. 正常登记流程

   • 步骤：
     （1）持拆迁协议、补偿凭证、身份证明至不动产登记中心；
     （2）若智力残疾人无法到场，由监护人提交监护证明及代办申请；
     （3）登记为两人共有，注明共有性质（如“按份共有：A 50%，B 50%”）。
     
   • 法律依据：《不动产登记暂行条例》第14条、第15条。

2. 特殊情形处理

   • 情形1：监护人未参与签约
     若协议由智力残疾人单独签署，需先通过法院确认协议效力或撤销协议，再重新签订。
     
   • 情形2：产权分配争议
     若两人对产权比例有争议，可协商补充协议；协商不成，通过诉讼分割补偿权益（《民法典》第304条）。
     
   • 情形3：监护人侵害权益
     若监护人私自处置房产，其他利害关系人可申请撤销监护资格并追责（《民法典》第36条）。

三、实务建议

1. 材料准备清单

   • 拆迁协议原件及补偿凭证；
     
   • 两人身份证、户口本；
     
   • 智力残疾人的残疾人证及监护证明（如法院指定监护人判决书）；
     
   • 共有协议（如需明确比例）。

2. 风险防范

   • 签约前确认监护人代签权限，避免协议无效；
     
   • 登记时明确共有性质，防止后续产权纠纷；
     
   • 保留所有沟通记录及文件副本。

如有进一步疑问（如协议效力审查、监护程序等），可直接向我提问，我将结合具体案情提供详细方案。