在工程居间费支付问题上，核心结论是：支付方式需合法合规，并建议通过书面协议明确约定支付细节，以保障双方权益。 以下是具体分析和建议：

1. 支付方式的合法性
   居间费的支付必须符合《民法典》中关于居间合同的规定，即居间人促成合同成立的，委托人应按约定支付报酬。支付方式可以是现金、银行转账、票据等，但需确保资金来源合法，避免涉及洗钱或逃税等违法行为。若涉及大额支付，建议通过银行转账并备注款项性质（如“居间服务费”），以便留存证据。

2. 书面协议的重要性
   无论支付方式如何，双方应签订书面《居间服务合同》，明确约定以下内容：

   • 居间费金额或计算方式（如按工程总价比例提取）；
     
   • 支付时间节点（如合同签订后、工程款到账后分阶段支付）；
     
   • 支付条件（如居间人是否需提供发票、是否需协助办理相关手续）；
     
   • 违约责任（如委托人逾期支付需承担的违约金比例）。
     书面协议能避免口头约定的模糊性，降低纠纷风险。

3. 税务合规性
   居间人收取费用后需依法纳税，通常按“劳务报酬所得”或“经营所得”缴纳个人所得税。若居间人为企业，还需缴纳增值税及附加税费。建议双方在协议中明确税费承担方（如由居间人自行承担），并要求居间人提供合法发票，否则委托人可能面临无法税前扣除的风险。

4. 风险防范建议

   • 若委托人要求分期支付，可设置“条件成就条款”（如工程验收合格后再支付尾款）；
     
   • 避免通过个人账户频繁大额转账，以免被税务或监管部门核查；
     
   • 若居间人涉及行贿等违法行为，委托人可能承担连带责任，需在协议中明确禁止并约定违约后果。

总结：居间费支付需兼顾合法性、协议明确性和税务合规性。建议双方在专业律师协助下起草合同，并保留支付凭证、沟通记录等证据。如有具体条款设计或纠纷处理需求，可直接向我咨询。