结论：员工配合调查是否会被限制自由，取决于调查的具体情况、员工在事件中的角色以及相关证据等因素，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、员工配合调查的一般情况
在老板被抓的情况下，员工如果被要求配合调查，通常是因为员工可能掌握与案件相关的信息或证据。一般情况下，配合调查并不意味着会被限制自由。调查机关（如公安机关）会依法进行询问或讯问，员工有义务如实提供情况。在这个过程中，员工的人身自由通常不会受到限制，除非员工本身涉嫌犯罪或存在其他需要限制自由的法定情形。
二、可能被限制自由的情况
员工涉嫌共同犯罪：如果员工与老板共同实施了犯罪行为，或者员工明知老板的犯罪行为而提供帮助、掩饰、隐瞒等，那么员工也可能成为犯罪嫌疑人。在这种情况下，员工被限制自由的可能性较大，调查机关可能会依法对员工采取刑事拘留、逮捕等强制措施。
员工存在毁灭、伪造证据等妨碍调查的行为：如果员工在配合调查过程中，存在毁灭、伪造证据，或者干扰证人作证等妨碍调查的行为，那么调查机关也可能依法对员工采取限制自由的措施，以确保调查的顺利进行。
其他需要限制自由的法定情形：根据案件的具体情况和相关法律法规的规定，如果存在其他需要限制员工自由的法定情形（如员工可能逃跑、自杀、串供等），调查机关也可能依法采取相应的措施。
三、法律建议
如实配合调查：如果员工被要求配合调查，应当如实提供情况，不得隐瞒、歪曲事实或提供虚假证言。这是员工的法定义务，也是维护自身权益的重要途径。
了解自身权益：员工在配合调查过程中，有权了解自己的权益和义务，包括询问的内容、方式、时间等。如果员工对调查机关的行为有疑问或不满，可以依法提出申诉或控告。
寻求法律帮助：如果员工在配合调查过程中遇到法律问题或困难，可以及时向专业律师咨询或寻求法律帮助。律师可以为员工提供法律咨询、代理申诉、控告等服务，维护员工的合法权益。
总结来说，员工配合调查是否会被限制自由取决于多种因素。在一般情况下，员工配合调查不会受到限制自由；但如果员工涉嫌共同犯罪、存在妨碍调查的行为或其他需要限制自由的法定情形，则可能被限制自由。因此，员工在配合调查时应当如实提供情况，了解自身权益，并在必要时寻求法律帮助。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的解答，请直接向我咨询。