事业单位在巡查中发现有人违法建房，应当立即采取以下措施，并依据具体情况选择合适的处理方式：
现场取证与记录：
- 事业单位巡查人员应首先对违法建房现场进行详细记录，包括拍照、录像、绘制现场图等，以固定违法事实。
- 同时，记录违法建房的具体位置、面积、结构、建设时间等关键信息，为后续处理提供依据。
制止违法行为：
- 在确保安全的前提下，巡查人员应尝试制止正在进行的违法建房行为，防止违法状态持续扩大。
- 若违法建房者不听劝阻，巡查人员应立即报告给上级主管部门或相关执法机构，请求协助处理。
报告与移送：
- 事业单位应及时将发现的违法建房情况报告给当地城乡规划主管部门或城市管理综合执法部门。
- 若违法建房行为涉嫌犯罪（如非法占用农用地罪等），事业单位还应将案件移送至公安机关，依法追究刑事责任。
配合调查与处理：
- 在相关执法机构介入后，事业单位应积极配合调查工作，提供必要的证据和资料。
- 根据执法机构的决定，事业单位可以参与或监督违法建房的拆除、罚款等处理措施的执行。
法律宣传与教育：
- 事业单位还可以借此机会开展法律宣传活动，提高公众对违法建房危害性的认识，增强法律意识。
- 通过宣传教育，预防类似违法行为的再次发生，维护城乡规划的严肃性和公共利益。
针对不同情况的处理建议：
若违法建房行为轻微且未造成严重后果：
- 事业单位可以首先尝试通过劝导、教育等方式，促使违法建房者自行拆除或改正。
- 若违法建房者配合整改，事业单位可以不予处罚或从轻处罚。
若违法建房行为严重或拒不改正：
- 事业单位应坚决报告并移送相关执法机构，依法进行处罚和强制拆除。
- 对于拒不执行处罚决定的违法建房者，事业单位可以申请人民法院强制执行。
若违法建房行为涉及多方利益或复杂情况：
- 事业单位应建议相关执法机构组织多方协商，寻求妥善解决方案。
- 在协商过程中，事业单位可以提供法律咨询和调解服务，促进问题和平解决。
总结：事业单位在巡查中发现违法建房时，应迅速取证、制止违法行为、报告移送、配合调查处理，并加强法律宣传与教育。针对不同情况，采取相应的处理措施，确保城乡规划的严肃性和公共利益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。