机关事业单位工作人员违法建设，将面临行政处罚、纪律处分，情节严重的还可能承担刑事责任，具体处理方式需根据违法建设的具体情况和后果来判定。以下从不同角度进行详细分析：
行政处罚角度
- 违法建设认定：机关事业单位工作人员的违法建设行为，首先需由城乡规划主管部门或城市管理执法部门进行认定。这通常涉及对建设行为是否违反城乡规划、是否取得建设工程规划许可证等关键要素的审查。
- 处罚措施：一旦认定为违法建设，相关部门将依据《城乡规划法》等相关法律法规，对违法建设者采取责令停止建设、限期拆除、罚款等行政处罚措施。对于机关事业单位工作人员，这些处罚同样适用，且可能因其身份而面临更严格的执法标准。
纪律处分角度
- 内部纪律规定：机关事业单位通常有严格的内部纪律规定，对工作人员的违法违纪行为进行约束。违法建设行为不仅违反了国家法律法规，也往往触犯了单位内部的纪律规定。
- 处分种类：根据违法建设的严重程度和后果，机关事业单位可能对涉事工作人员给予警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等纪律处分。这些处分将直接影响工作人员的职务晋升、薪酬待遇等。
刑事责任角度
- 犯罪构成：在极端情况下，如果机关事业单位工作人员的违法建设行为情节严重，如造成重大安全事故、严重破坏环境资源等，可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
- 罪名与刑罚：根据具体犯罪情节，涉事工作人员可能面临非法占用农用地罪、重大责任事故罪等罪名的指控，并可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。
建议：机关事业单位工作人员应严格遵守国家法律法规和单位内部纪律规定，避免违法建设行为的发生。如果已经发生违法建设行为，应积极配合相关部门的调查和处理工作，主动纠正错误，以减轻可能面临的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。