当雇员在工作中发生交通事故时，赔偿问题确实涉及多个方面，包括责任认定、赔偿项目、赔偿流程以及特殊情形下的赔偿等。以下是对此问题的详细解答：
一、责任认定
雇主责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果雇员在执行雇主安排的工作任务过程中发生交通事故，且自身无故意或重大过失，那么雇主应承担赔偿责任。这通常适用于雇员的职务行为，如送货、接送客户等。
- 雇主承担赔偿责任的前提是雇员的行为与履行职务有内在联系。例如，雇员在送货途中发生交通事故，这通常被视为职务行为，雇主应承担相应责任。
第三方责任：
- 如果交通事故是由第三方的过错造成的，如其他车辆驾驶员的违规驾驶，那么第三方应承担相应的赔偿责任。
- 在这种情况下，雇员可以同时向雇主和第三方主张赔偿，但具体赔偿方式和比例需根据实际情况和法律规定来确定。
雇员自身责任：
- 如果雇员对交通事故的发生存在故意或重大过失，如无证驾驶、醉酒驾驶等，那么雇员可能需要自行承担部分或全部责任。
- 在某些情况下，雇主在承担赔偿责任后，还可以向有故意或重大过失的雇员追偿部分损失。
二、赔偿项目
交通事故的赔偿项目通常包括：
- 医疗费：因治疗交通事故所受伤害而产生的医疗费用，包括挂号费、检查费、手术费、药费等。
- 误工费：因受伤无法工作而导致的收入损失，根据受害人的误工时间和收入状况确定。
- 护理费：因受伤需要他人护理而产生的费用，根据护理人员的收入状况和护理人数、护理期限确定。
- 交通费：因就医、转院等产生的交通费用。
- 住院伙食补助费：住院期间的伙食补助费用。
- 营养费：根据伤情和医生建议的营养补充费用。
- 残疾赔偿金：如果雇员因伤致残，根据伤残等级计算的赔偿金额。
- 精神损害抚慰金：因受伤导致的精神痛苦而给予的抚慰金。
- 财产损失赔偿：包括因交通事故造成的直接财产损失，如车辆维修费用、车载物品损坏的损失等。
三、赔偿流程
报警与责任认定：
- 发生交通事故后，应立即报警并等待交警到场处理。
- 交警会根据现场情况和相关证据出具事故认定书，明确各方责任。
协商赔偿：
- 在责任认定明确后，各方可以就赔偿问题进行协商。
- 如果协商达成一致，可以签订赔偿协议并履行赔偿义务。
调解解决：
- 如果协商不成，可以请求公安机关交通管理部门调解，或者向人民调解委员会等组织申请调解。
- 调解达成协议的，应当制作调解书，由各方当事人签字确认。
诉讼解决：
- 如果协商和调解均无法解决争议，雇员可以向人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，需要提供相关证据，如交通事故责任认定书、医疗记录、费用清单等，以支持自己的诉讼请求。
四、特殊情形下的赔偿
工伤保险赔偿：
- 如果雇员与雇主之间存在劳动关系，并且已经缴纳了工伤保险，那么雇员还可以申请工伤保险赔偿。
- 工伤保险赔偿的范围和标准由《工伤保险条例》规定。
商业保险赔偿：
- 如果雇主为雇员购买了商业保险（如意外险、雇主责任险等），那么雇员还可以根据保险合同向保险公司申请赔偿。
综上所述，雇员在工作中发生交通事故时，赔偿问题需要根据具体情况进行分析和处理。雇主、雇员和第三方都可能成为赔偿责任的主体，赔偿项目包括人身损害赔偿和财产损失赔偿等。在处理赔偿问题时，应遵循报警与责任认定、协商赔偿、调解解决和诉讼解决等流程。同时，还需要考虑特殊情形下的赔偿问题，如工伤保险赔偿和商业保险赔偿等。