针对您提出的问题，即购房合同上写有两个人名字，但在办理房产证时其中一人死亡，登记机构应该如何办理，以下是我为您提供的详细解答：

首先，这种情况涉及到不动产的继承登记问题。根据《不动产登记操作规范(试行)》的相关规定，因继承取得不动产申请登记的，有两种处理方式：

1. 公证继承：

   • 如果申请人能够提交经公证的材料或者生效的法律文书，那么不动产登记机构将按照《不动产登记暂行条例》和《不动产登记实施细则》的相关规定办理登记。

2. 非公证继承：

   • 如果申请人不提交经公证的材料或者生效的法律文书，那么在受理登记前，需要由全部法定继承人或受遗赠人共同到不动产所在地的不动产登记机构进行继承材料查验。
   • 在此过程中，申请人需要提交一系列申请材料，包括但不限于：
     • 所有继承人或受遗赠人的身份证、户口簿或其它身份证明；
     • 被继承人或遗赠人的死亡证明，如医疗机构出具的死亡证明、公安机关出具的死亡证明或者注明了死亡日期的注销户口证明、人民法院宣告死亡的判决书等；
     • 所有继承人或受遗赠人与被继承人或遗赠人之间的亲属关系证明，如户口簿、婚姻证明、收养证明、出生医学证明，以及公安机关、村委会、居委会、被继承人或继承人单位出具的证明材料等；
     • 如果继承人放弃继承，需要在不动产登记机构办公场所，在不动产登记机构人员的见证下，签署放弃继承权的声明；
     • 如果继承人已死亡，代位继承人或转继承人需要参照上述材料提供相关证明；
     • 被继承人或遗赠人享有不动产权利的材料；
     • 如果被继承人或遗赠人生前有遗嘱或者遗赠扶养协议，需要提交其全部遗嘱或者遗赠扶养协议；
     • 如果被继承人或遗赠人生前与配偶有夫妻财产约定，需要提交书面约定协议。

针对您的情况，由于购房合同上写有两个人名字，但其中一人已死亡，因此您需要按照非公证继承的方式处理。您需要准备上述提到的所有相关材料，并与其他法定继承人或受遗赠人共同到不动产所在地的不动产登记机构进行继承材料查验和登记申请。

最后，我想强调的是，房屋买卖合同本身不需要公证，但继承登记过程中可能涉及到的遗嘱或相关法律文书如果经过公证，将有助于加快登记流程。不过，即使没有公证，只要您能够提供完整、真实的继承材料，不动产登记机构也会依法为您办理登记手续。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。