即使工资已经结清，劳动者仍然有权就未签订劳动合同这一违法行为提起劳动仲裁或诉讼，要求用人单位支付双倍工资差额等合法权益。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律依据与解析
根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条的规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这一规定旨在惩罚用人单位未依法签订劳动合同的行为，并保障劳动者的合法权益。工资结清，仅表明用人单位支付了劳动者应得的劳动报酬，但并不等同于用人单位已完全履行其法定义务。未签劳动合同，仍属于独立且可追诉的违法行为，劳动者有权就此主张权利。
二、劳动者权益与维权途径
权益主张：
- 劳动者在证明与用人单位存在事实劳动关系（如通过工作证、考勤记录、工资发放记录、同事证言等证据）的基础上，有权要求用人单位支付未签劳动合同期间的双倍工资差额。
- 劳动者还可进一步主张补缴社会保险等其他合法权益，因为未签劳动合同往往伴随着未依法缴纳社会保险等违法行为。
维权方式：
- 劳动监察投诉：劳动者可以向当地劳动监察部门提出投诉，要求用人单位承担相应的法律责任。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查，并作出相应的行政处罚。
- 劳动仲裁申请：在法定的仲裁时效内（一般为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算），劳动者可以向劳动争议仲裁机构申请仲裁，以裁决方式解决争议。仲裁裁决具有法律效力，双方当事人应当履行。
- 民事诉讼：对仲裁结果不服的，劳动者还可以选择向法院提起诉讼，通过司法程序维护自己的合法权益。法院将依法审理案件，并作出判决或裁定。
三、注意事项与风险提示
- 诉讼时效：劳动者在主张权利时务必注意诉讼时效问题，确保在法定期间内提出诉求。如果超过时效，可能会丧失法律支持，导致无法维护自己的合法权益。
- 证据收集：在维权过程中，劳动者应全面、客观地收集并保存相关证据，以形成有力的证据链支持自己的主张。证据是维权的关键，缺乏证据可能导致维权失败。
- 冷静理性：劳动者应保持冷静和理性，依法依规进行投诉、申请仲裁或提起诉讼。避免采取过激行为，如扰乱用人单位秩序、损坏财物等，这些行为不仅可能影响维权效果，还可能承担法律责任。
- 法律知识学习：在维权前，劳动者可以学习一些基本的法律知识，了解自己的权益和维权途径。这有助于劳动者更好地维护自己的合法权益，避免在维权过程中陷入被动。
综上所述，即使工资已经结清，劳动者在未签订劳动合同的情况下仍然享有广泛的法律权益和多种维权途径。如果你遇到了类似的问题，或者有任何法律疑问，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和支持。