单位负责人若发现员工挪用公款1000万，应立即采取以下措施，具体处理方式需结合其职责与法律程序分情况说明：

1. 立即启动内部调查，固定证据

   • 单位负责人需第一时间组织财务、审计或法务部门对账目进行核查，确认挪用事实、金额、时间及资金流向，保留转账记录、合同、审批文件等关键证据。
     
   • 若涉及银行流水，可申请法院调取或通过单位账户权限查询，确保证据链完整。
     

2. 区分单位性质，选择报案或内部处理

   • 若单位为国有企业/事业单位：
     根据《刑法》第384条，挪用公款1000万属于“数额巨大”，可能面临十年以上有期徒刑或无期徒刑。负责人需在24小时内向纪检监察机关或公安机关经侦部门报案，并提交初步调查报告。
     
   • 若单位为民营企业：
     根据《刑法》第272条，挪用资金1000万属于“数额巨大”，可能面临三年以上十年以下有期徒刑。负责人需向公安机关经侦部门报案，同时可依据《劳动合同法》第39条，以“严重违反用人单位规章制度”为由解除与涉事员工的劳动合同。
     

3. 配合司法机关调查，追缴损失

   • 负责人需全程配合公安机关侦查，提供账目、监控、证人证言等材料，协助追查资金去向。
     
   • 若涉事员工已将资金用于个人消费、赌博或挥霍，单位可向法院提起民事诉讼，要求其返还财产并赔偿损失；若资金被转移至第三方，可申请法院冻结相关账户或财产。
     

4. 内部追责与制度完善

   • 若调查发现单位财务制度存在漏洞（如审批流程缺失、监管不严），负责人需承担管理责任，可能面临内部处分（如警告、降职）或行政处罚（如罚款）。
     
   • 事后需修订财务制度，例如实行“双岗复核”、定期审计、大额资金分级审批等，防止类似事件再次发生。
     

特别提醒：单位负责人若存在指使、默许或协助挪用行为，可能构成共犯，需承担刑事责任。因此，处理过程中需确保自身行为合法合规，避免“掩盖罪行”或“伪造证据”等风险。

如有进一步疑问（如证据收集细节、报案流程等），可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。