结论：在农村建房质量问题中，若承包方拒绝修复，发包方是否有权拒绝支付工程款，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、工程质量问题的责任划分与支付原则
承包方责任：
- 若工程质量问题由承包方的施工不当或未遵守合同约定导致，如使用不合格材料、施工工艺不达标等，承包方应承担修复费用及因此造成的损失。
- 在此情况下，发包方有权要求承包方承担违约责任，并可能通过法律途径主张减少支付工程价款或赔偿损失。若承包方拒绝修复，发包方在合理范围内有权拒绝支付与修复费用相当的工程款部分，但需注意，这并不意味着可以拒付全部工程款，除非工程质量问题严重到无法修复或影响整体使用功能。
发包方责任：
- 若工程质量问题由发包方提供的设计图纸错误、指示不当或提供的材料不合格等原因造成，发包方应自行承担责任。
- 发包方不能以此为由拒付工程款，反而可能需要向承包方支付额外的修复费用或赔偿损失。
双方共同责任：
- 若工程质量问题由双方共同原因造成，应根据各自的过错程度承担相应的责任。在此情况下，发包方和承包方应协商确定修复费用和工程款支付方案。
二、法律依据与合同约定
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第八百零一条，因施工人的原因致使建设工程质量不符合约定的，发包人有权请求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。经过修理或者返工、改建后，造成逾期交付的，施工人应当承担违约责任。
- 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十二条也规定，因承包人的原因造成建设工程质量不符合约定，承包人拒绝修理、返工或者改建，发包人请求减少支付工程价款的，人民法院应予支持。
合同约定：
- 双方在合同中应对工程质量标准、验收程序、违约责任等进行明确约定。若合同中有关于工程质量问题导致工程款支付的特别条款，如约定在承包方拒绝修复时发包方有权拒付工程款或扣除相应费用，则应按照合同约定执行。
三、拒付工程款的条件与限制
拒付条件：
- 发包方欲以工程质量问题拒付工程款，必须证明质量问题确实存在且由承包方原因造成。
- 拒付的金额应与工程质量问题的严重程度和修复费用相当，不得无故扩大拒付范围。例如，若工程质量问题仅为墙面细微裂缝，不影响整体使用功能，发包方不能以此为由拒付全部工程款。
限制情形：
- 若工程已通过竣工验收或发包方已擅自使用，除地基基础工程和主体结构质量外，发包方不得以一般质量问题为由拒付工程款。
- 发包方应在合理期限内提出质量异议，否则可能丧失拒付权利。例如，若发包方在工程竣工后长时间未提出质量问题，后突然以质量问题为由拒付工程款，可能不被法院支持。
四、实际操作建议
协商解决：
- 在发现工程质量问题后，发包方应首先与承包方进行协商，要求承包方进行修复或承担修复费用。若承包方同意修复或承担费用，则问题可得到妥善解决。
法律途径：
- 若协商无果，发包方可以收集相关证据（如工程质量检测报告、合同、沟通记录等），通过法律途径主张自己的权益。在诉讼过程中，法院将根据具体情况判断发包方是否有权拒付工程款或要求承包方承担违约责任。
总结与建议：在农村建房质量问题中，若承包方拒绝修复，发包方是否有权拒绝支付工程款需根据具体情况判断。建议发包方在签订合同时明确约定工程质量标准和验收程序，并在发现质量问题后及时与承包方协商解决。若协商无果，可寻求法律途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。